Тем временем турецкий султан отправил в Египет войска через Сирию. Наполеон, узнав об этом, двинулся им навстречу. Сирийский поход французов выдался гораздо более тяжелым, чем египетский. Стояла страшная жара, войскам не хватало воды, во время похода (особенно на обратном пути) чума косила наполеоновских солдат. В начале марта французы после ожесточенного боя взяли Яффу, озверевшие воины Бонапарта устроили в городе резню, не щадя стариков и детей. Сам командующий приказал расстрелять отряд албанцев, которые сдались в плен в обмен на обещание жизни. Два месяца французы провели под стенами Акры (Акки), и 20 мая им пришлось прекратить осаду и отойти. Далее находиться в Сирии было невозможно. С большими потерями армия Наполеона вернулась в Египет. Несмотря на трудности, египетская армия Бонапарта быстро восстанавливала боеспособность. Страна прочно находилась в ее руках. Турки, попытавшиеся было вернуть Египет, были 20 июля 1799 года наголову разбиты недалеко от Абукира в дельте Нила. Французы действовали настолько слаженно, что Бонапарт говорил: «Это самая прекрасная битва, которую я видел в своей жизни».
В это время в Европе уже действовала, и довольно успешно, новая коалиция против Франции. Александр Суворов отнял у французов Италию еще быстрее, чем ее покорил Наполеон. Последний узнал о происходящем совершенно случайно – из бог знает как попавшей ему в руки газеты. Решение было принято немедленно. В руках французов в Египте оставалось лишь несколько кораблей – большую часть эскадры Нельсон уничтожил при том же Абукире. Наполеон приказал снарядить четыре корабля, на которых с небольшим отрядом 23 августа и отправился во Францию. Путешествие было очень рискованным – ведь по всему Средиземному морю рыскали корабли англичан; но непостижимым образом Наполеону опять удалось избежать встречи с ними. 8 октября 1799 года он высадился на мысе Фрежюс во Франции.
На сей раз генерала Бонапарта встречали с еще большим триумфом во всех городах, которые он проезжал по дороге в Париж. В день, когда в столице было объявлено о прибытии во Францию Наполеона, по улицам прошел импровизированный военный парад с музыкой. Тому были свои причины. Директория успела полностью дискредитировать себя как режим коррупционный, гнилой и неэффективный. Потери всех итальянских приобретений авторитета директорам, понятно, тоже не добавили. Промышленность и торговля пришли в полный упадок, казна была расхищена, на дорогах страны хозяйничали разбойничьи шайки, Вандея была под властью мятежников, чиновники беспокоились только о своем кармане и совершенно не опасались ни центральной власти, ни судебного преследования. Многие французы мечтали о сильной власти, возможно, диктаторе, который наконец навел бы в стране порядок. Кроме того, буржуазия и зажиточные крестьяне имели все основания опасаться, что при таком неблагоприятном развитии событий на фронтах не за горами реставрация, а следовательно, ликвидация достигнутых буржуазией в предыдущие годы результатов, возвращение частной собственности феодалам и т. п. Директория подвергалась нападкам и слева, со стороны рабочих, потерявших значительную часть прав после термидора, со стороны остатков левых политиков, ностальгировавших по революционным временам. Генерал Бонапарт, покоритель Италии и Египта, приверженец строгого порядка, многим казался лучшим претендентом на диктаторскую власть.
В Париже к Наполеону потянулись банкиры, желавшие спонсировать будущий переворот, политики, видевшие себя в правительственных креслах. Среди последних особо важную роль играли хитрые интриганы Талейран и Фуше. Оба они сохранят свои посты при Бонапарте: один – министра иностранных дел, другой – министра полиции. Даже сами директоры понимали, что дело идет к перевороту в пользу Бонапарта. Главную роль тогда в Директории играли Сийес и Баррас. Первый прямо участвовал в заговоре.