Принято считать, что генеральный штаб расцвел при Мольтке. Так оно в общем и есть, но произошло это далеко не сразу. Сначала новому начальнику пришлось провести кропотливую работу для того, чтобы подготовить умных, образованных, широко мыслящих, энергичных помощников. Только со временем генштаб стал претендовать на главную роль в руководстве большинством процессов в стране, связанных с войной. В этом деле Гельмут Мольтке показал неожиданный для многих острый ум, умение руководить, талант создателя школы. Он лучше многих коллег сумел уловить веяния времени, понять перемены, происшедшие в экономике, технике нового времени и привести военное дело в соответствие с этими переменами. Находясь, по сути, в положении наблюдателя со стороны в течение всей своей долгой военной карьеры, будучи, казалось бы, кабинетным ученым, Мольтке понял и систематизировал все, что пропустили лихие вояки-практики. Русский генерал Драгомиров, находившийся при прусском штабе во время австро-прусской войны, писал: «Генерал Мольтке принадлежит к числу тех сильных и редких людей, которым глубокое теоретическое изучение военного дела почти заменило практику».
Весь генеральный штаб в 1857 году состоял из 64 офицеров, 18 из которых образовывали Большой генеральный штаб. Через десять лет штаб уже вырос до 119 офицеров, в том числе 48 – в Большом генеральном штабе. В работах последнего участвовало, кроме того, 30 причисленных к генеральному штабу молодых испытуемых офицеров. По инициативе нового начальника стали гораздо чаще проводиться занятия по стратегии и тактике – на картах и путем полевых поездок, во время которых слушатели тренировались в изучении и оценке местности, выборе позиции, оценке обстановки и отдаче приказов. За первые 13 лет на посту начальника генерального штаба Мольтке провел девять полевых поездок, много времени посвящал тактическим задачам. Обычно ими руководили начальники отделений Большого генерального штаба, но в конце года Мольтке сам составлял задание и производил лично в своем кабинете, в присутствии всего Большого генерального штаба, разбор решений.
Огромное внимание Мольтке уделял, конечно, работе своего военно-исторического отделения. В 1862 году военно-историческое отделение издало «Историю итальянского похода 1859 года». Уже через три года после войны, в отсутствие точной и полной информации об этой войне, Мольтке выступил с критически написанным трудом. Начальник генерального штаба стремился ознакомить прусскую армию с новыми явлениями в современной войне, дать правильное освещение кампании 1859 года и сделать из нее соответствующие выводы. Агенты Мольтке находились и в США во время Гражданской войны, доклады оттуда начальник генштаба тщательно изучал и разбирал со своими учениками и соратниками.
Военно-историческое повествование превратилось в обсуждение острых вопросов современной стратегии и тактики, и эта манера исторической критики легла в основу и последующих исторических трудов прусского генерального штаба. Статьи Мольтке отличали четкость и ясность изложения, яркое выделение главных идей и железная логика доказательств. Следует сказать несколько слов о военной теории Мольтке. Начальнику генерального штаба было довольно сложно активно бороться за новые принципы в этой теории. В этой области науки уже давно безраздельно властвовало преклонение перед наполеоновским искусством. Столкнуть с этого пути поседевших за своими письменными столами прусских ученых было практически невозможно. Мольтке же полагал, что тактика Наполеона не является панацеей. Более того, в новых условиях, в которых приходится вести войну в Европе, она приведет к большим потерям. Однако чтобы не тревожить маститых старцев, Мольтке предпочитал писать книги более практического характера: «О фланговых позициях», «О глубине походных колонн».
Гельмут Мольтке отдавал себе отчет в том, что не только само сражение является полем для деятельности военачальника, – он стремился охватить взглядом также подготовительные и «промежуточные» проблемы, стоящие перед армией. «В большинстве случаев история демонстрирует перед нашими глазами лишь обстоятельства войны, скрывая от нас внутренние предпосылки, – писал полководец, – бои и блестящие подвиги образуют светлые пятна, о которых каждый охотно читает; затруднения с довольствием, трудности переходов, бивачные лишения, страдания в госпиталях и опустошение страны являются теневой стороной; изучать последнюю трудно и малопривлекательно, но, тем не менее, крайне необходимо». Особый интерес у начальника прусского генштаба вызывала мобилизация. Мобилизационный план был переработан под руководством генерального штаба таким образом, что сроки, за которые вырастала прусская армия военного времени, стали значительно меньше аналогичных сроков у потенциальных противников.