Сэр Чарльз Непир был старшим сыном лорда капитана Чарльза Непира. Родился он 6 марта 1786 года около Фалкирка, графство Стерлинг в Шотландии. Среди его предков был знаменитый математик Джон Непер. Морскую службу юноша начал 1 ноября 1799 года волонтером на шлюпе «Мартин», крейсировавшем в Северном море. Моряк служил на различных судах, в ноябре 1802 года стал мичманом, 30 ноября 1805 года — лейтенантом. 30 марта 1806 года он участвовал при взятии 80?пушечного корабля «Маренго» и 40?пушечного фрегата «Бэле?Пуль». В следующем году, во время крейсерства в Вест?Индии на 98?пушечном корабле «Принс Джордж», Непир исполнял обязанности командира брига «Пултуск» и участвовал при взятии нескольких купеческих кораблей, стоявших у северо?восточной оконечности Порто?Рико под защитой двух береговых батарей. В августе 1808 года его направили на бриг «Рекруит». На этом бриге Непир сражался в сентябре с 22?пушечным французским корветом «Дилижант» и обратил его в бегство. В бою лейтенант был ранен, а неприятельский корвет лишился мачты.
В феврале 1809 года Непир участвовал в покорении жителей Мартиники. В апреле с адмиралом Кочреном он преследовал три французских линейных корабля более двух суток; в итоге один 74?пушечный корабль был взят. В ходе боя Непир старался держаться вблизи противника и сбить его рангоут. В награду за мужество Кочрен назначил своего лейтенанта командовать призом. Адмиралтейство утвердило назначение.
Летом 1810 года Непир вернулся с конвоем в Англию и до 1811 года не ходил в море. Период береговой службы не прошел без дел: в 1810–1811 годах моряк состоял волонтером в отряде английской пехоты в Португалии, участвовал в бою и был вторично ранен. Затем он получил назначение на 32?пушечный фрегат «Темз». 21 июля 1811 года вместе с бригом «Сефалюс» Непир подавил сопротивление 11 канонерских лодок и 13?пушечной фелуки, защищавших вход в Порто?дель?Инфени в Италии, рассеял отряд стрелков на береговых возвышенностях и овладел военными судами, конвоировавшими 14 купеческих судов. 1 ноября 1811 года с гребных судов фрегатов «Темз» и «Имперьюз» Непир высадил 250 человек 62?го полка, которые обошли гавань Палинуро с тыла и закрепились на берегу. Следующим утром фрегат Непира «Темз» истребил 10 канонерских лодок, батарею и овладел 22 фелуками с ценными грузами. В последующие годы, командуя фрегатами, он не раз отличился высадками десанта и захватом судов.
Позднее в Северной Америке Непир участвовал в экспедиции против Александрии (пригород Вашингтона). Начальник экспедиции капитан Гордон высоко оценил его деятельность. Фрегат Непира от налетевшего шквала лишился бушприта и всех стеньг, но уже после 12 часов усиленной работы был готов к бою. В последующей осаде Балтимора Непир успешно командовал отрядом судов в одном из протоков реки Потапско. За заслуги на реке Потомак и при Балтиморе моряк был награжден орденом Бани.
С 1815 по 1829 год Непир оставался на берегу, затем находился в отдельном плавании на 42?пушечном фрегате «Галатея». Позднее моряк отправился в Португалию — там его ждали слава и деньги за победы в борьбе, разгоревшейся между претендентами на престол. В 1831 году он на Азорских островах поддерживал партию принцессы Марии да Глория (позднее португальскую королеву Марию II). В 1833 году он сменил адмирала Сарториуса. Как командующий португальским лоялистским флотом дона Педро Португальского, он истребил флот дона Мигуэля, претендовавшего на португальский трон, у мыса Сан?Винсенте 5 июля 1833 года. В следующем году он командовал морскими силами в обороне Лиссабона от мигуэлистов. За это Непиру присвоили титул графа Сан?Винсент и наградили большим крестом ордена Башни и Меча.
Вернулся Непир в британский флот в 1836 году. Некоторое время был вторым в командовании Сирийской экспедиции 1840–1844 годов, принимал участие в захвате Бейрута и Акры (октябрь—ноябрь 1840 года). На берегах Сирии и при Сент?Анне моряк вновь отличился, однако его порицали за то, что всю славу он приписывал себе.
В 1847–1848 годах Непир командовал флотом в Ла?Манше и по возвращении поместил в «Таймс» ряд писем. В них он нападал на английское морское управление. Позднее он издал свои письма, относящиеся к морскому делу, в книге «Флот, его прошлое и настоящее»; в письмах встречается много дельных и основательных мыслей.
В феврале 1854 года сэра Чарльза Непира назначили командующим флотом на Балтике. Против русского Балтийского флота англичане вооружали свой флот, наиболее мощный со времен Наполеоновских войн. Половину флота составляли паровые суда. В Англии считали, что никто лучше Непира не сможет использовать эти силы. В марте на Спитхэдском рейде собрался большой флот, который отправлялся на Балтику: 10 винтовых и 7 парусных линейных кораблей, 15 винтовых фрегатов и 17 пароходофрегатов с 2344 орудиями и 22000 человек экипажа. 7 марта адмирал получил инструкции и выступил с флотом.