В 1783 году, взяв отпуск, Горацио подумывал о парламентской карьере, но довольно быстро решил вернуться во флот. На фрегате «Борей» он отправился нести дозорную службу в Вест-Индии. В штат судна Нельсону пришлось включить брата Уильяма. У порта Дил капитан, узнав, что голландцы захватили 16 английских моряков, отправил на борт голландского судна вооружённый отряд и открыл пушечные порты, моряки были отпущены и пополнили команду «Борея». Вскоре Уильям разочаровался в должности судового священника, крепко запил и тяжело заболел, так что его пришлось отправить в Англию. Основной задачей Нельсона в Вест-Индии был контроль за соблюдением Навигационного акта, согласно которому в английские колониальные порты можно было ввозить товары исключительно на английских судах. После обретения британскими колониями в Северной Америке независимости американские суда стали иностранными, но рынок продолжали торговлю фактически по старым правилам. Местные английские чиновники знали об этом, но получали весомый процент с контрабанды. Нельсон вспоминал: «В бытность свою колонистами американцы владели почти всею торговлей от Америки до Вест-Индийских островов, а когда война закончилась, они забыли, что, одержав победу, они стали иностранцами и теперь не имеют права торговать с британскими колониями. Наши губернаторы и таможенные чиновники делают вид, что по Навигационному акту у них есть право торговать, а население Вест-Индийских островов хочет того, что ему выгодно. Предварительно уведомив губернаторов, таможенников и американцев о том, что я собираюсь делать, я захватил множество судов, что и настроило против меня все эти группировки. Меня гнали от одного острова к другому, я подолгу даже не мог сойти на сушу. Но мои незыблемые моральные правила помогли мне выстоять, и когда в этой проблеме разобрались получше, я получил поддержку с родины. Я доказал, что должность капитана военного судна обязывает его соблюдать все морские законы и выполнять поручения Адмиралтейства, а не быть таможенником». На Нельсона писали жалобы, однако король обещал ему свою поддержку в случае суда. Но с вест-индийской контрабанды кормились не только местный генерал-губернатор и командующий эскадрой, но также большое число чиновников в Лондоне. И у Нельсона появилось множество высокопоставленных врагов.
Нельсона попросили доставить с острова Нэвис на остров Барбадос племянницу президента Совета Нэвиса Джона Герберта мисс Перри Герберт. По прибытии он увидел вторую племянницу Герберта молодую вдову доктора Джошуа Нисьета, весьма богатого человека, Фрэнсис Нисбет (1758–1831). Она родилась на острове Невис в 1758 году в семье старшего судьи острова Уильяма Вудварда. В домашнем кругу её ласково именовали Фанни, от первого брака у неё был сын Джошуа Нисбет (1780–1830). Нельсон влюбился сразу: «У меня нет ни малейшего сомнения, что мы будем счастливой парой, а если не будем, то по моей вине». И уже 11 марта 1787 года состоялась их свадьба.
В 1787 году Нельсон, только что вернувшийся из Вест-Индии, по приглашению принца Уильяма присутствовал в Плимуте на церемонии закладки камня членами ложи «Амфибия», объединявшей офицеров флота и морской пехоты (сам принц состоял в этой ложе). На заседании ложи «Амфибия» № 407 в Стоунхаузе, Плимут, 15 августа 1787 года присутствовал брат Нельсон, который вернулся в Портсмут из Вест-Идии на борту фрегата «Борей» 4 июля 1787 года. А среди обстановки ложи «Дружба» № 100 в Ярмуте на закладном камне упоминается Нельсон: «В память брата Нельсона Нильского и Бэрнхема Торпа вблизи Норфолка, который отдал свою жизнь во имя победы над объединенным флотом Франции и Испании у мыса Трафальгар, 21 октября 1805 года. Выполнено братом Джоном Катлавом». А в масонском похоронном зале ложи Йорка № 236 в Ридинге, Беркшир, сохранился оттиск знамени с похорон Нельсона со следующей надписью: «Мы радуемся вместе со своей страной, но скорбим по нашему брату». Такой оттиск мог быть сделан только в том случае, если Нельсон был масоном.
В 1793 году, с началом войны против Франции, Нельсона наконец стал капитаном линейного корабля в составе Средиземноморской эскадры адмирала Сэмюэля Худа (1724–1816). В этом же году он участвовал в боевых действиях под Тулоном, в июле 1794 года командовал десантом на Корсике, получив ранение правого глаза при осаде крепости Кальви (но, вопреки легендам, глаз не был выбит и черной повязки на глазу Нельсон никогда не носил), а 13 июля 1795 года отличился в морском сражении, принудив к сдаче французский корабль, намного превосходивший по мощи его собственный.