Всех их заключили под стражу в «плавучей тюрьме», на барже. На протест против этого Троцкого Сталин написал резолюцию: «Не принимать во внимание». Прибывшая специальная комиссия расследовала обстоятельства дела и освободила из-под стражи А. Снегирева с переводом на другой участок фронта. Остальным работникам повезло гораздо меньше — по неизвестным причинам баржа внезапно затонула со всеми находившимися на борту.
Но и после этого Сталин не успокоился. В нарушение распоряжений Москвы, запретившей вмешиваться в дела военных специалистов, Сталин сначала отменил приказы вновь назначенного командующего фронтом Н. Сытина, а затем и вовсе отстранил его от командования. По требованию Троцкого в дело снова вмешалась Москва. Ленин уступил, и в конце октября Сталина отозвали из Царицына.
После возвращения в Москву его назначают членом Реввоенсовета Республики, а через месяц и членом ВЦИК. Прежний конфликт с Троцким приобрел теперь форму взаимных обвинений. Троцкий жаловался Ленину в частном порядке на то, что Сталин восстанавливал в армии «порядки великих князей» (намек на обычаи царского времени, когда приказы отдавались войскам великими князьями через головы вышестоящих начальников и порождали неразбериху в управлении войсками). Вопрос о военных специалистах был лишь одной из многих сфер, в которых Сталин выплескивался наружу. Со стороны Сталина к конфликту привели побуждения психологического свойства. К нападкам на Троцкого его толкало чувство сильнейшей неприязни к человеку, который в силу своей роли в революции портил ему жизненный сценарий.
После пережитого в Царицыне у Сталина проснулось желание сыграть совершенно определенную роль в войне. Прошло совсем немного времени, и в январе 1919 года он вместе с Дзержинским выехал в Вятку, чтобы по поручению ЦК расследовать причины сдачи Перми 3-й армией. А уже в мае Сталина направили в Петроград, чтобы приободрить Зиновьева, запаниковавшего перед лицом опасных передвижений дислоцированной в Эстонии армии генерала Юденича, а также в связи с возникшей угрозой сдачи Петрограда и назревавшего мятежа в городе и его окрестностях.
В Петрограде Сталин оставался весь июнь, действуя с привычной бесцеремонностью. После захвата форта Красная Горка (16 июня) он послал Ленину телеграмму, в подтексте которой было: «штатские» могут преподавать военным специалистам уроки стратегического искусства.
Следующим серьезным военным заданием для Сталина стало южное направление (войска генерала Деникина заняли Курск, Воронеж и Орел и нацелились на Москву). Армия была остановлена. И хотя позднее авторство победоносной стратегии против Деникина будет приписываться Сталину, ее разработчиком являлся Троцкий.
В 1919 году Сталин женился на Надежде Сергеевне Аллилуевой, дочери старого революционера Сергея Аллилуева, с которым будущий диктатор познакомился в 1904 году в доме социал-демократического активиста Михо Бочоридзе. Тот укрывал Сталина после побега последнего из ссылки в Новую Уду.
Непохожая на первую жену, простую грузинскую девушку Екатерину, Надежда Аллилуева была человеком, впитавшим большевизм с молоком матери. Она была человеком, для которого общественная деятельность являлась насущной потребностью. Вступив в партию в 17 лет в 1918 году, она некоторое время работала в Царицыне, выехав туда вместе со Сталиным, и одновременно выполняла другие партийные поручения. Разница в возрасте между ними была существенная — 22 года. Надежда лишь на семь лет была старше первого сына Сталина, Якова.
Выйдя замуж, она не замкнулась на домашнем хозяйстве. В начале 1919 года она начала работать в личной канцелярии Ленина. Позднее она устроилась в редакцию журнала «Революция и культура» и принимала активное участие в деятельности партийной организации издательства «Правда». Затем Надежда Аллилуева поступила в Промакадемию, собиралась стать специалистом по синтетическим волокнам.
Она родила Сталину двоих детей — дочь Светлану и сына Василия, показала себя хорошей хозяйкой. Семья уже жила не по-пролетарски. Сохраняя квартиру в Кремле, Сталин и Надежда в 1919 году получили просторную загородную дачу недалеко от деревни Усово, в живописном месте на берегу р. Москвы, примерно в двадцати километрах от столицы. Дача называлась Зубалово, по имени русского нефтепромышленника, которому принадлежала до революции. В 20-е годы под непосредственным наблюдением Сталина дом перестроили и превратили это место в процветающую усадьбу с различными надворными постройками, цветниками, плодовым садом, поляной для индеек и бассейном для уток. Дети находились под присмотром нянек и домашних воспитателей. Сталин часто приезжал сюда и любил проводить здесь свободное время. Но после загадочного самоубийства Надежды в 1932 году он больше никогда не появился в Зубалово, приказав построить для себя дачу в Кунцево и перебравшись туда на следующие 20 лет. Самоубийство жены, которой он доверял, сказалось на его дальнейшей политике.