В то время как римские Борджиа укрепляли свое положение в свете, их испанские родственники целиком отдались духовной жизни и стали воплощением христианской добродетели.
Вдова герцога Хуана Гандийского, убитого Чезаре, удалилась в монастырь, туда же впоследствии уйдет и их дочь. Пятеро из семерых внуков выбрали церковную карьеру, добившись в этом деле немалых успехов (2 кардинала, аббат, архиепископ и великий магистр военной ордена Святой Марии Монтесы), а две из шести внучек стали аббатисами.
Герцог четвертый Гандийский, более известный сегодня как святой Франциск Борджиа, чей день отмечается католической церковью 3 октября, родился 28 октября 1510 года. Уже в восемь лет он проявил тягу к духовной жизни, чем немало напугал даже свою очень набожную мать.
Так как Франциск должен был унаследовать герцогство, родители позаботились о том, чтобы их сын получил хорошее образование, в том числе и военное (следует особо отметить, что он изучал риторику и философию). В результате такого воспитания Франциск стал великолепным наездником, ловким охотником, победителем турниров. Позже он получил фундаментальные знания в области математики, астрономии и космографии, а также часовой механики.
В 13 лет он был представлен ко двору, внесен в список двадцати грандов первого класса (что позволяло ему не обнажать голову в присутствии короля и беседовать с ним как с близким родственником).
Успехи в свете не радовали юного Франциска, т. к., во-первых, он был чрезвычайно религиозен а, во-вторых, он стыдился любого намека на пороки римского двора, с которым он был связан родственными узами.
При дворе Франциск встретил Элеонору де Кастро, девушку из знатной португальской семьи. Молодые люди полюбили друг друга и, благодаря содействию короля Карла V и королевы Изабеллы, поженились. Этот брак был счастливым, плодовитым и долгим. Элеонора поддерживала мужа и помогала ему во всех начинаниях. Франциск и Элеонора стали близкими друзьями и советчиками королевской четы. Они почти всегда находились рядом со своими повелителями. Так, Франциск сопровождал Карла на войну и проявил себя как храбрый воин в походах на Тунис, Ла Гулетту, Прованс. Во время поездок по провинциям Франциск развлекал королеву мелодиями собственного сочинения, которые позже получили широкую известность и исполнялись в церквях как мотеты.
Результатом усиленных занятий науками и поездок стало крайнее истощение, от чего Франциск на время потерял голос. И в это же время умерли его бабка и брат Родриго, а немного позже — королева Изабелла.
Все эти события заставили Франциска задуматься о бренности существования, и он принял решение: никогда не служить господину, которого заберет смерть. Франциск в стремлении претворить в жизнь свой план отдаться служению Богу попросил короля отпустить его в Гандию, но Карл и слышать об этом не захотел, назначив вице-канцлером и главным капитаном Каталонии.
Новый губернатор Каталонии остался тверд в своем решении. Конечно, он выполнял свои обязанности, но в личной жизни отрекся от роскоши, начинал день с молитв, ночью часами стоял на коленях, перебирая четки.
Примерно в это же время был создан и активно расширял сферу своего влияния орден иезуитов — «Общество Иисуса». Его агенты старались заручиться поддержкой светских и духовных владык, и один из них встретился с Франциском Гандийским. Тот принял их правила и тайно вступил в «Общество». Через 2 года, 1 февраля 1548 года, он открыто объявил о своей принадлежности к иезуитам. Как иезуит он посетил Рим, где удивил всех скромностью (ведь Рим еще помнил о привычках Борджиа) и передал значительные средства на содержание Римской коллегии, где обучались сотни студентов.
В 1551 году герцог Гандийский получил сан священника и принял пострижение под именем Франциска Борджиа. Первую мессу он отслужил в часовне замка Лойолы, первого генерала иезуитов. О второй мессе отца Франциска рассказывают как о чуде: Франциск проповедовал на кастильском языке, а большинство присутствовавших на мессе владели только баскским, тем не менее люди понимали его слова. Все присутствовавшие плакали от волнения.
После такого блестящего рукоположения Франциск жил в бедном ските, работая наравне с другими послушниками. Но ни светские власти, ни руководство ордена не забыли о нем. Папа римский предложил ему кардинальскую шапку, но Франциск отказался. Он хотел стать монахом, и он стал им, дав главный обет послушания (подчиняться любому приказу генерала ордена). В 1555 году он был назначен комиссаром Ордена в провинциях Испании и Португалии, в этом же году открыл помещение для послушников при монастыре в Симанкас, 20 коллегии в Испании. С этого же времени он стал духовником власть предержащих. Франциск Борджиа неоднократно успешно выполнял поручения при королевских дворах Европы (История показывает, что не все они принесли желаемый результат, но поставленные перед посланцем задачи он выполнял всегда.)