В 1802 году Кутузов вызвал неудовольствие императора Александра I неудовлетворительным состоянием столичной полиции и, попав в опалу, попросился в отставку. Его просьба была удовлетворена, и он три года прожил в своем имении, находясь не у дел государственных и военных.
Когда началась война с завоевателем Европы Наполеоном Бонапартом, российский государь Александр I послал в 1805 году на помощь союзной Австрии две русские армии. Командовать одной из них он поручил генералу от инфантерии М.И. Голенищеву-Кутузову. Пока его 50-тысячная армия находилась на марше, союзники-австрийцы потерпели полный разгром в сражении под Ульмом. Кутузов оказался один против превосходящих неприятельских сил.
Тогда русский полководец совершил свой знаменитый отступательный марш-маневр от Браунау к Ульмицу (Оломоуцу), чтобы не позволить французам окружить свою армию. В ходе маневра русские разбили войска наполеоновских маршалов Мюрата под Аштеттином и Мортье под Дюренштейном. Этот марш вошел в историю военного искусства как замечательный образец стратегического маневра.
Вопреки кутузовскому мнению император Александр I и австрийский император Франц I перешли в наступление на французскую армию. 20 ноября 1805 года состоялось Аустерлицкое сражение, в котором русский главнокомандующим оказался фактически отстраненным от руководства войсками. Наполеон одержал под Аустерлицем одну из самых крупных своих побед. Александр I, прямой виновник поражения союзных русско-австрийских войск, вину за него возложил на Кутузова, и тот снова оказался в опале.
Генерал от инфантерии был назначен киевским военным губернатором. В марте 1808 года ему поручили командовать корпусом Молдавской армии. Но из-за разногласий по поводу ведения боевых действий против турок в войне 1806-1812 годов и штурма крепости Браилов у Кутузова не сложились отношения с престарелым главнокомандующим генерал-фельдмаршалом А.А. Прозоровским. В результате опального полководца назначили виленским военным губернатором. Однако именно Кутузову пришлось завершить эту затянувшуюся Русско-турецкую войну, на которую в Париже возлагали большие надежды: император Наполеон I Бонапарт уже деятельно готовился к вторжению в Россию. В 1811 году, когда война с Турцией зашла в тупик, российский император назначил главнокомандующим Молдавской армией опального полководца. В Рущукском сражении, имея всего 15 тысяч войск, Кутузов нанес сокрушительное поражение 60-тысячной султанской армии под командованием опытного Ахмет-паши.
После одержанной победы он преднамеренно отвел русскую армию за Дунай, в Валахию. За ним на противоположный дунайский берег устремился и неприятель. И 40 тысяч турок оказались блокированными русскими войсками в лагере под Слободзеей. Вскоре султанская армия сдалась "на сохранение" русскому главнокомандующему, а султан Махмуд II, лишившись цвета своего воинства, вынужден был заключить мир с Россией на выгодных для нее условиях.
Генерал от инфантерии М.И. Голенищев-Кутузов за победное окончание войны с Оттоманской Портой получил графский титул, но не вернул себе расположение императора. Александр I был недоволен его действиями во главе Молдавской армии, и условиями заключенного Кутузовым (он обладал такими правами) мира с турками. Полководец снова был отстранен от командных должностей в русской армии.
В начале Отечественной войны 1812 года Михаила Илларионовича избрали начальником сперва Санкт-Петербургского, а затем Московского ополчений. После того как русские войска оставили Смоленск, под давлением общественности государь назначил Кутузова главнокомандующим всей русской действующей армией, уступив мнению членов Особого правительственного комитета.
Главнокомандующий прибыл к отступавшей к Москве русской армии у Царево-Займище. За два месяца отступления она отошла от государственной границы более чем на 800 километров. До Москвы оставалось около 150. И все же Кутузов решил отвести 1-ю и 2-ю Западные армии еще дальше, вглубь России. Он учитывал значительное превосходство наполеоновской Великой армии и отсутствие у своей армии подготовленных резервов. Пройдет время, и историки назовут это его решение гениальным.
Не получив обещанных императором крупных подкреплений, Кутузов решил дать Наполеону генеральное сражение, выбрав для этого удобную позицию. Ею стало огромное поле у деревни Бородино. Состоявшаяся здесь 26 августа Бородинская битва развеяла миф о непобедимости императора-полководца Наполеона Бонапарта.
Наполеон привел под Бородино 135 тысяч солдат при 578 орудиях. В его распоряжении были войска почти половины Европы. Русская же армия в Отечественной войне 1812 года не имела ни одного союзника. На Бородинском поле она насчитывала 120 тысяч человек, из них 10 тысяч ополченцев, в боях не участвовавших, 7 тысяч казаков и 640 орудий.