В отношении злого умысла мнения членов комиссии разделились. Одни эксперты были убеждены, что команда «Либертэ» была способна на диверсию. Имелись сведения, что команда корабля не раз угрожала своим офицерам за несправедливое и жестокое обращение с ней «уничтожить их взрывом». Записки с подобными угрозами находили в офицерских каютах и в кают-компании «Либертэ». «Если бы злоумышленники действительно хотели взорвать офицеров, — заявляли другие члены комиссии, — то они наверняка подожгли бы кормовой пороховой погреб, расположенный рядом с жилыми помещениями офицеров корабля». Умышленный поджог порохового погреба членами команды «Либертэ» расценивался комиссией как маловероятный.
Итак, отвергнув два первых предположения, эксперты вплотную подошли к третьему — самовозгоранию пороха вследствие его разложения.
В это время на вооружении французского военного флота стоял порох типа «B», приказом командования уже снятый с производства, но еще находившийся в употреблении из-за того, что новые пороха не начали поступать во флот. Все сорта пороха «B» сгорают при соприкосновении с открытым пламенем без взрыва, они детонируют лишь от поджога шашки черного пороха, вложенной в заряд.
Как же порох хранился на «Либертэ»?
Следственная комиссия выяснила следующие обстоятельства и факты.
Температура в пороховых погребах часто поднималась до 30—40°C.
На корабль неоднократно поставлялся старый освеженный порох для учебных стрельб с пометкой «израсходовать в течение трех месяцев», фактически же он оставался на кораблях больше указанного срока. В патронах для зарядов малого калибра также использовался освеженный порох. На «Либертэ» и на других кораблях эскадры в 47-миллиметровых патронах содержался порох, изготовленный в 1889 году. Для 65-миллиметровых зарядов употреблялся порох, на котором имелась пометка «совершенно негодный».
Воспламенительные шашки черного пороха хранились вместе с полузарядами.
Патроны малого калибра, заряженные частично черным и освеженным порохом типа «B», хранились вместе в одном погребе, хотя официально считалось, что на кораблях Второй эскадры эти патроны черного пороха были заменены мелинитовыми.
В погребах корабля хранились пороховые заряды среднего и малого калибров, уже один раз введенные в ствол орудия во время стрельб. Заряд, побывавший в разогретом стволе, приобретал свойство быстро разлагаться и, попадая обратно в погреб, представлял большую опасность. Эти выводы вызвали возражения со стороны некоторых военно-морских чинов, но члены комиссии остались при своем мнении, которое разделяли многие известные химики и пиротехники. Так, изобретатель мелинита химик Тюрпен сообщил, что сразу же после катастрофы с броненосцем «Йена» он заявил морскому министру Франции, что причиной взрыва стал порох «B», и что ввиду способности этого пороха к разложению его использование на военных кораблях слишком опасно. Именно Тюрпен предложил военному министерству страны порох, более стойкий и надежный в хранении.
Закончив следствие, комиссия пришла к заключению: катастрофа «Либертэ» произошла от самовозгорания заряда в одном из верхних снарядных погребов по правому борту. Одновременно она отмечала важные обстоятельства, предшествовавшие взрыву на корабле. Оказывается, в течение всего времени с 1 июня по 15 августа температура в пороховых погребах правого и левого бортов для хранения снарядов достигала 30°C, а иногда была даже выше. С 4 по 16 августа «Либертэ» участвовал в маневрах эскадры, и в течение всего этого времени было приказано держать заряды вблизи орудий. Поэтому шесть гильз с зарядами для 194-миллиметровых орудий двенадцать дней находились недалеко от кочегарок, где температура достигала 40°C. Возможно, что эти заряды были снова помещены в пороховой погреб.
По мнению комиссии, пожар возник в зарядном погребе одного из орудий. Можно предположить, что сначала произошло самовозгорание пороха «B» в гильзе снаряда без детонации. Потом порох загорелся в соседних гильзах со слабой детонацией, которая была слышна на палубе в 5 часов 31 минуту. После этого погреб оказался охваченным огнем.