Поиски были прекращены в мае, когда все попытки найти судно оказались безуспешными. Рассчитав остойчивость «Циклопа», военно-морские эксперты пришли к выводу, что судно испытывало значительную, но не чрезмерную бортовую качку. По их мнению, тяжелая руда в трюме под влиянием качки могла столь заметно переместиться, что это вызвало крен и погружение части палубы в воду; при определенной силе ветра и высоте волны такой крен мог оказаться весьма опасным для судна. Тем не менее в заключении экспертов указывалось, что другие суда, шедшие по тому же маршруту, не отметили каких-либо исключительно плохих условий погоды.
Впоследствии управление военно-морской разведки перечислило в своем докладе все версии, выдвинутые в связи с гибелью судна.
1. Экипаж взбунтовался, захватил судно и отвел его в какой-то пункт, расположенный в стороне от главных морских путей.
2. Генеральный консул США в Рио-де-Жанейро, находившийся на «Циклопе» в качестве пассажира и известный своими прогерманскими настроениями, организовал передачу судна в руки немцев.
3. Судно было торпедировано немецкой подводной лодкой.
4. Произошел взрыв двуокиси марганца, которая при определенных условиях становится чрезвычайно взрывоопасной.
5. «Циклоп» затонул в результате сильной бортовой качки.
6. Капитан Уорли, родом из Германии, сдал «Циклоп» немцам или дал возможность немецким подводным лодкам потопить судно.
Министерство военно-морского флота не располагало фактами, которые говорили бы в пользу хотя бы одной из этих версий.
Многие полагали, что ключ к разгадке будет найден через несколько лет. В 1919 году мать одного из членов экипажа получила из Нью-Йорка телеграмму, из которой следовало, что ее сын жив, а «Циклоп» находится в одном из немецких портов. В море неподалеку от Галвестона была найдена бутылка с запиской, в которой сообщалось, что «Циклоп» был торпедирован в 1000 миль к востоку от Ньюфаундленда. Оба сообщения оказались мистификацией.
В 1920 году капитан-лейтенант Мэлон С. Тисдел привел доказательства, подкрепившие предположение, что судно просто перевернулось. Во время одного из своих плаваний на «Циклопе» Тисдел обнаружил, что крышки люков на подпалубных цистернах были откинуты. «Я поднялся на мостик и доложил капитану, что кто-то открыл все подпалубные цистерны. Капитан посмеялся над моими опасениями и сказал, что они всегда открыты в соответствии с инструкциями судостроительного завода, где был построен „Циклоп“…»
Тисдел был уверен, что во время последнего плавания «Циклопа» груз в его трюмах при качке переместился, вода хлынула в открытые люки и судно опрокинулось.
«Это могло произойти за какие-нибудь несколько секунд, и никто не успел покинуть судно… Поскольку все пошло на дно морское, на поверхности ничего и никого не осталось… Никаких обломков и быть не могло. Они остались бы только в том случае, если бы судно наскочило на мину или было торпедировано. У них не было времени даже на то, чтобы послать сигнал SOS. У них вообще ни на что не было времени. Те немногие, кто оказался в воде, долго продержаться не могли. А всякие мелкие предметы, плавающие на поверхности, затерялись в бескрайних просторах океана задолго до того, как спасательные суда начали поиски „Циклопа“».
Хотя доводы капитан-лейтенанта Тисдела — одно из наиболее приемлемых решений этой загадки, в его аргументации есть два слабых места. Во-первых, Тисдел исходил из того, что был сильный шторм; согласно же метеорологическим сводкам, погода была неплохая. Во-вторых, вся его концепция основана на том, что люки были открыты.
Тем временем капитан 3-го ранга Йейтс, служащий судостроительного завода в Норфолке, обвинил Уорли в том, что тот морочил Тисделу голову. «Когда капитан-лейтенант Тисдел обнаружил, что люки на подпалубных цистернах открыты, „Циклоп“ шел без груза, а в этом случае совершенно не имеет значения, открыты люки или закрыты, — писал Йейтс. — Как правило, когда на судне нет груза, цистерны заполняются водой (в качестве балласта)». Далее Йейтс указывал на то, что никаких инструкций на этот счет судостроительный завод не давал и что Уорли ни в коем случае не держал бы люки открытыми, если бы на судне был груз.
Капитан Зарфосс утверждал, что «Циклоп» был «потоплен собственным грузом. Марганец обладает свойством разъедать все, что находится под ним… Полагаю, — говорил он, — что катастрофа произошла мгновенно, так как фактически днище судна просто провалилось».
Многие военные моряки считали, что виной всему были тяжелые надпалубные сооружения. Стальные деррик-краны, предназначенные для быстрой погрузки и выгрузки угля, располагались довольно высоко над палубой. В случае большого крена тяжелая надстройка мешала судну выпрямиться, в результате чего груз мог сдвинуться с места, а судно — перевернуться. Если трюмы загружены не полностью, как было на «Циклопе», груз более подвижен, чем при трюмах, заполненных до предела. Слабым местом этой теории, как, впрочем, и многих других, является предположение, что смещение груза может произойти только в плохую погоду.