7 сентября 1893 года Лушков отправил телеграмму в Ревель командующему отрядом контр-адмиралу Бурачеку о благополучном прибытии лодки «Туча» в Гельсингфорс. При этом он ни словом не обмолвился о «Русалке». По морскому уставу Лушков обязан был немедленно донести контр-адмиралу, что он не исполнил его приказания и прибыл в Гельсингфорс без «Русалки». Бурачек, получив эту телеграмму, не принял никаких мер, чтобы узнать, где находится «Русалка» и почему Лушков не исполнил его предписания идти совместно с броненосцем.
Прибыв к финскому берегу, командир «Тучи» не явился к командиру порта. Лишь на следующий день, то есть 8 сентября, Лушков направил ему с матросом строевой рапорт, но и в нем он не упомянул о «Русалке». Ему следовало немедленно явиться к командиру порта не только для формального исполнения предписания Морского устава, но и для того чтобы доложить, что он в море расстался с «Русалкой». В этом случае начальство Свеаборгского порта приняло бы меры для розыска, а может быть, и оказания помощи броненосцу.
В 7 часов утра 9 сентября контр-адмирал Бурачек прибыл в Биоркэ. Здесь никто ничего не знал ни о «Русалке», ни о «Туче», хотя они при нормальных условиях должны были уже прибыть туда. Лушков вышел на «Туче» из Гельсингфорса 9 сентября в 5 часов 30 минут, чтобы шхерами следовать в Биоркэ. Прибыв в Роченсальм, он направил третью телеграмму Бурачеку, в которой запрашивал, идти ли ему в Биоркэ или ждать «Русалку». Эту телеграмму адресату доставили лишь 10 сентября утром. После ее получения, когда возникли серьезные опасения за судьбу «Русалки», контр-адмиралу следовало сразу телеграфировать об этом высшим военно-морским властям, но он этого почему-то не сделал…
Первые сведения о «Русалке» были получены в Свеаборгском порту поздно вечером 9 сентября от гельсингфорсского полицмейстера. Он сообщал, что на одном из островов Кремаре выбросило шлюпку с трупом военного матроса, а на острове Сандхамн нашли несколько разбитых шлюпок и деревянные обломки. Таким образом, Морское министерство России узнало о потере «Русалки» лишь 10 сентября, то есть на третий день после ее гибели.
Суд признал Лушкова виновным в том, что он, потеряв при проходе Ревельштейнского плавмаяка из виду броненосец «Русалка», пренебрегая предписанием командующего отрядом, не предпринял никаких попыток снова быть на виду у броненосца и, вместо того чтобы подождать его, продолжал путь.
Розыски места гибели «Русалки» начались 10 сентября 1893 года и велись все время, за исключением тех дней, когда из-за сильных ветров не представлялось возможным выходить в море. Поиски продолжались до 16 октября, то есть 37 дней. Работы приостановили в связи с наступившими заморозками и зимними штормами. В розысках участвовало 15 судов, отправленных из Гельсингфорса, Кронштадта и Ревеля. Поисковым судам не удалось определить место гибели броненосца, но в море были найдены и выловлены, а также доставлены жителями прибрежных мест и островов различные предметы с погибшего корабля, в том числе его спасательные шлюпки. У всех обнаруженных шлюпок уключины не были вставлены в гнезда. В шлюпке, найденной на острове Кремаре, под кормовой банкой обнаружили труп матроса. Вскрытие показало, что он умер не более трех дней назад, то есть 7 сентября. Смерть наступила в результате сильных травм головы, шеи и груди. Полагали, что, находясь в бессознательном состоянии, он захлебнулся уже после получения травм. Удалось установить, что это был матрос 2-й статьи Иван Прунский. Ему устроили торжественные похороны. За гробом погибшего шли морские офицеры, светские дамы, отряды матросов и солдат. На всем пути от госпиталя в Гельсингфорсе до русского кладбища звучала траурная музыка в исполнении оркестра.
К зиме 1893 года в Финском заливе были найдены принадлежавшие «Русалке» весла, спасательные круги, ящик для хранения линя ракетного линемета, матросские подвесные койки, белье, бескозырка с надписью на ленточке «Русалка», ящик из-под запасного компаса, две деревянные крышки от башенных горловин, детали разбитой верхней ходовой рубки и множество деревянных обломков.
Морское министерство России возобновило поиск «Русалки» в начале лета 1894 года. К этому времени оно получило немало предложений, как быстрее отыскать пропавший броненосец. Среди них имелись курьезные и даже фантастические проекты, например, вооружить тралами Балтийский флот и протралить весь залив между Ревелем и Гельсингфорсом. Был предложен способ искать «Русалку» с помощью магнитной стрелки в зимнее время, когда залив покроется льдом, мол, чем ближе к броненосцу, тем стрелка будет принимать все более вертикальное положение. Предлагалось даже производить химический анализ морской воды с помощью особой бутылки, открывающейся на морском дне. Автор этой идеи предлагал брать воду в различных местах залива и производить анализ на присутствие в ней железа, полагая, что ржавчина от броненосца разойдется в воде и даст возможность узнать место его гибели.