Детство и юность Усмана прошли в деревне Дегель близ города Бирини-Конни и были заполнены духовными занятиями с фульбскими маламами (кораническими учителями). Выучив под руководством отца Коран, он начал жизнь странствующего ученика, прилежно изучая основы богословия и арабской культуры. Большое влияние на юношу оказал малам Джибрил бен Умар, наводивший страх на местных жителей постоянными призывами к джихаду. Период обучения завершился хаджем в Мекку и Медину. Около 1774 года Усман возвратился в Гобир и сам начал преподавать основы коранических знаний. Хорошее мусульманское образование, редкое красноречие и религиозное рвение позволили ему быстро собрать вокруг себя большое число учеников и последователей. К концу 1780-х годов их насчитывалось более тысячи человек. Но после того как эмир Гобира Бава (правил в 1776–1794), относившийся к Усману с глубоким уважением, отдал ему на воспитание своего сына Юнфу, число его последователей многократно умножилось. В одном из хаусанских текстов говорится: «Во время Бавы имя малама Усмана стало известно повсюду. Он проповедовал, он собирал людей, и они принимали ислам в Руга Фако (так именовалась резиденция Усмана дан Фодио в Дагеле). Бава знал малама Усмана очень хорошо и поэтому отдал ему своего сына…»
После смерти Бавы и его брата Якубы Усман добился, чтобы эмиром провозгласили его воспитанника Юнфу. Тот стал править с 1802 года. В это время Усман пользовался огромным влиянием на дела. Юнфа внимательно прислушивался ко всем его советам. Ничего не предвещало разрыва между ними, и тем не менее он произошёл. И хотя эта ссора, имевшая огромные последствия для всех народов Северной Нигерии, описана во многих источниках, её глубинные мотивы остаются по сей день неясными. Внешне же всё выглядело следующим образом. Вскоре после восшествия на престол Юнфа позволил своему полководцу Варо совершить поход против мусульманской общины Гинбана. Когда она была разгромлена, Усман, не одобрявший, по-видимому, этого похода, попросил у Юнфы позволения освободить одного обращённого в рабство мусульманина. Юнфа отвечал: «Я даю тебе разрешение, так как ты — отец мой». «Тогда, — продолжает хроника, — малам Усман сказал, чтобы все фульбе пошли, встали на дороге и каждого, кого увидят связанным, чтобы освобождали, у заключённых разбивали цепи. И это они выполнили. Они разбивали цепи и освобождали рабов, мужчин и женщин, мальчиков и взрослых…» В результате гобирава (так называли жителей Гобира) лишились большей части добычи. Варо подал Юнфе жалобу на своеволие фульбе. «Они говорят, — донёс он, — что ты приказал этому фульбе (то есть Усману), чтобы он разбил все цепи и освободил рабов». Юнфа возразил: «Я не говорил так». Он послал за Усманом. Однако тот категорически отказался от встречи и отвечал посланцам эмира: «Я отказываюсь». Юнфа рассердился и послал за ним стражников, но последователи Усмана побили и прогнали их. Это было открытое неповиновение. Юнфа вспылил. Он отправил за своим наставником сначала начальника тюрьмы, потом начальника конницы с отрядом солдат. Разгорелось настоящее сражение, закончившееся победой Усмана. Оно произошло 21 февраля 1804 года и считалось в дальнейшем началом джихада — священной войны фульбе против правящих в стране хауса.
Усман дан Фодио объявил, что целью его борьбы является возврат к строгой морали, к истинному Корану и Сунне, а также восстановление централизованного государства в его первоначальной чистоте и простоте. Он прямо обвинил хауса в том, что они изменили исламу, постоянно нарушают мусульманские правовые нормы, следуют анимистическим традициям и совершают языческие ритуалы. Неизвестно, насколько обоснованы были его упрёки, но призыв к священной войне не остался без ответа — тысячи фульбе взялись за оружие и начали борьбу против хаусанского господства.