Паскаль порвал светские знакомства и сделал нормой своей жизни строжайшее исполнение религиозных предписаний и аскетическое самоограничение во всем, что касалось материальных благ и удобств: бедное жилье, скудный стол, скромная одежда. «Умерщвляя свою плоть», он не позволял себе употреблять вкусную пищу, фрукты, сладости, соусы, чай и кофе, дабы «не потакать прихотям языка», хотя для хрупкого здоровья Паскаля было необходимо хорошее питание. Но он не скупился помогать бедным, которым искренне сострадал. Так произошло «второе обращение» Блеза Паскаля, после чего его жизнь стала все более и более напоминать житие «святого». Тем не менее эти восемь лет жизни были для Паскаля не менее, а в плане философском и более плодотворными, чем весь предшествующий период творчества.
В январе 1655 года состоялась философская беседа Паскаля с де Саси об Эпиктете и Монтене. Де Саси был поражен глубиной и оригинальностью размышлений Блеза. Пор-Рояль гордился не только Паскалем — «святым», но и Паскалем — выдающимся ученым и философом.
С января 1656 года Паскаль активно включается в борьбу янсенистов Пор-Рояля с иезуитами, в связи с чем им (якобы от имени Людовика де Монтальта) были написаны знаменитые «Письма к провинциалу» — «бессмертный образец для памфлетистов» (О. Бальзак), — составившие целую эпоху в истории французской литературы и породившие общественное движение против ордена иезуитов.
После «Писем к провинциалу» Паскаль создает ряд богословских произведений: четыре «Сочинения о благодати», «Краткое описание жизни Иисуса Христа» и др.
Он задумал написать «Апологию христианской религии», первый набросок которой представил друзьям из Пор-Рояля осенью 1658 года. Это сочинение вначале мыслилось как полемическое, однако по мере того, как Паскаль углублялся в свой материал, вышло за намеченные пределы. По-видимому, сначала Паскаль предполагал написать сочинение против свободомыслящих; опровержение их взглядов потребовало изложения и обоснования неких основных исходных тезисов, и здесь возник план истинной апологии — книги, утверждающей торжество христианства. Во исполнение этого Паскаль сосредоточил свое внимание на доказательстве следующих трех тезисов: христианство представляет собой единственно истинную религию; христианская религия отнюдь не противоречит разуму, но, напротив, полностью согласуется с ним; христианская религия — и только она! — ведет к подлинному благу. Христианство, по мысли Паскаля, основывается на совершенном знании человеческой природы и его установления во всем отвечают требованиям сердца и разума.
Он работал над ней до конца своей жизни, так и не успев завершить свой труд, который остался в виде записей (названных при издании фрагментами) на отдельных листах бумаги, лишь частично им классифицированных по темам и в соответствии с замыслом «Апологии». Множество других фрагментов не имело прямого к ней отношения и касалось, в общем, философских воззрений Паскаля: о природе, человеке, познании, различных направлениях в философии и др. Эти записи (выборочно, с целью прославить Паскаля как святого!) были впервые опубликованы Пор-Роялем в 1669 году под названием «Мысли г. Паскаля о религии и о некоторых других предметах».
Паскаль работал с увлечением и, как всегда, самозабвенно. За короткий период (до лета 1659 года) он создал ряд превосходных трактатов по циклоиде и проблемам, с нею связанным. Близок был Паскаль и к открытию дифференциального исчисления.
Как уже не раз случалось в жизни Паскаля, после мощного взлета творческой активности он тяжело заболел и осенью 1659 года вынужден был оставить науку, отныне и навсегда. От этого заболевания он не оправился до конца своей жизни, который был уже близок. В связи с болезнью в 1659 году Паскалем написана «Молитва к Богу об обращении во благо болезней», в которой он рассматривает свою «неправедную жизнь». Нет, он не просит Бога избавить его от тяжких страданий, но умоляет его не оставить своим утешением и милостью. Поистине он относился к «тем праведникам, которые считали себя грешниками в отличие от тех грешников, которые мнили себя праведниками» (его собственное высказывание о других). И как «раскаявшийся грешник» он не довольствовался теми страданиями, которые Бог соблаговолил послать ему в назидание, но и сам — охотно и добровольно — усугублял их «в угоду Господу».
Мало того, что он отказывал себе в полноценном питании, в котором крайне нуждался по состоянию здоровья, он еще носил на своем теле пояс, усеянный гвоздями, по которому ударял всякий раз, когда «забывал» о служении Господу.