Весьма характерно для литературной манеры Кьеркегора, что все свои основные произведения (исключая религиозные проповеди «Назидательных речей») он публиковал под различными псевдонимами. Уже в 1842 году в начале своей литературной деятельности он поместил в газете объявление, в котором отказывался от авторства «многих остроумных статей». Около двадцати статей обозначены инициалами, но все крупнейшие сочинения изданы под вычурными псевдонимами. Начиная с «Или — или» Кьеркегор выступал под десятком различных псевдонимов, притом даже антитетичных (Климакус и Анти-Климакус). (Иоанн Климакус — живший в VI веке настоятель синайского монастыря, мистик, описавший тридцать ступеней лестницы на пути души к небу). Вопреки нескончаемым сомнениям, одолевавшим Кьеркегора, у него не было сомнения в одном: в своей гениальности.
«Я отлично знаю, — утверждал он уже в начале своей литературной карьеры, — что в данный момент я самая одаренная голова среди всей молодежи…». А через пять лет: «То, что я являюсь писателем, который безусловно окажет честь Дании, это твердо установлено…» И еще год спустя: «О, после моей смерти одного «Страха и трепета» будет достаточно, чтобы сделать мое имя бессмертным».
Название одной из лучших книг философа «Страх и трепет» взято из Ветхого завета — она посвящена рассмотрению философско-нравственных проблем на материале сказания о Аврааме и Исааке. Задумываясь о смысле человеческой жизни, Кьеркегор создает беспредельно пессимистическую картину, связанную с реальной действительностью общества своего времени, но эта картина может быть соотнесена с современной эпохой.
Увы, современники не оценили его гения. Главное философское произведение писателя — «Заключительное ненаучное послесловие» не вызвало ни малейшего интереса и разошлось тиражом в 50 экземпляров. А «Философские крохи», пространным комментарием к которым было это произведение, по собственному свидетельству Кьеркегора, «безо всякого препирательства, без крово-, без чернилопролития эта работа осталась незамеченной, нигде не обсуждалась, нигде не упоминалась…»
Последний год жизни Кьеркегора — это год его бунта, мятежа, восстания против религиозного лицемерия и формальной обрядности протестантской церкви. Поводом для восстания послужила кончина в 1854 году главы датской протестантской церкви епископа Мюнстера, друга и духовного наставника Кьеркегора-отца. Когда его преемник епископ Мартенсен выступил с восторженной апологией своего предшественника как «свидетеля Христа», Кьеркегор взбунтовался. «Рядом статей этой газете («Отечество») я открыл теперь, говоря военным языком, живой огонь, выступив против официального христианства и тем самым против духовенства в нашей стране».
За полгода на страницах газеты была опубликована 21 статья, а с 24 мая 1855 года начал выходить в свет собственный, издаваемый Кьеркегором на последние оставшиеся от отцовского наследства деньги, листок «Мгновение», всецело посвященный начатой им в «Отечестве» кампании. Философ с негодованием обрушился на официальные церковные установления и их блюстителей, предавших заветы Иисуса Христа. Особенно резким нападкам подвергся глава датской церкви. Клерикалы пришли в бешенство. Последний (десятый) подготовленный Кьеркегором номер не вышел в свет. Огромное нервное возбуждение не прошло бесследно. Кьеркегор, потеряв сознание, упал на улице и через несколько дней скончался в возрасте 42 лет.
Это произошло 11 ноября 1855 года. Чувствуя приближение смерти, философ пожелал причаститься, но не из рук священника, а от частного лица. В этом ему было отказано. Толпа видела в его смерти перст Божий. Своей надгробной эпитафией он задолго до смерти избрал: «Тот Единичный».
Многочисленные сочинения Серена Кьеркегора оставляют 28 томов, 14 из них занимают дневники. В философии Карьеркегора предвосхищены основные моменты современной экзистенциональной философии, которые пронизывают творчество Гуссереля, Ясперса, Хайдеггера, Сартра и Камю.
Серен Кьеркегор называл себя поэтом или писателем, но никогда — философом. Он восхищался народной поэзией: «В ней есть сила желаний. Желания же нашего времени только греховны и пошлы, — у нас все сводится к желанию поживиться за счет ближнего». В начале творчества писатель страдал от несовершенства своего языка и стиля: «Неужели я навек осужден только лепетать?» — и в дальнейшем достиг высокой художественности и поэтичности произведений. Кьеркегор хорошо знал античную философию, на которую ссылался в своих произведениях, и вел серьезную полемику с Кантом и Гегелем.