Академией наук патриотическое намерение митрополита Макария было встречено с глубокой признательностью, так как занятия наукой в значительной степени всегда нуждаются в поддержке. По соглашению с преподобным митрополитом Макарием Академия наук составила проект основных положений о премиях его имени за труды по светским наукам. Проект этот 8 мая 1867 года был утвержден императором Александром II.
В 1869 году по случаю юбилея Киевской духовной академии высокопреосвященный Макарий пожертвовал в пользу академии 25000 рублей, чтобы ежегодные проценты с этого капитала (1375 рублей) вручались студентам за лучшие сочинения духовного характера. В том же году были учреждены премии по 1000 рублей за лучшие учебные пособия по предметам семинарского и духовного образования, которые присуждались учебным комитетом при Святейшем Синоде. Кроме того, были сделаны еще два пожертвования (по 2000 рублей каждое): одно — в пользу Литовской духовной семинарии для учреждения стипендии «для одного из бедных, но достойнейших воспитанников», другое — в пользу Общества вспомоществования бедным студентам Санкт-Петербургской духовной академии.
После кончины митрополита Макария, когда настало время осуществить его святую волю, основные положения о премиях имени митрополита Макария были еще раз тщательно проработаны и окончательно оформлены правилами, составленными Академией наук и утвержденными министром народного просвещения 14 июня 1883 года. На основании этих правил в одном конкурсе присуждались две полные и три неполные премии: полная премия составляла 1500 рублей, неполная — 1000 рублей.
На конкурс допускались сочинения по всем отраслям наук и знаний, но премий удостаивались только самостоятельные труды, которые могли бы внести в науку новые наблюдения, факты и воззрения и тем самым существенно обогатить ее. Премии (полные и неполные) могли назначаться не только за законченное произведение, но и за один или несколько томов многотомного сочинения, если они составляли цельное исследование. Соискатели могли представить сочинения как печатные, так и рукописные. Но если премия присуждалась сочинению рукописному, она выдавалась автору только после того, как труд его будет опубликован.
Присуждение премий имени митрополита Макария Академией наук происходило по нечетным годам, начиная с 1885. В эти годы день рождения митрополита Макария — 19 сентября — праздновался особенно торжественным собранием, на котором до всеобщего сведения доводились результаты присуждения премий.
На первый конкурс поступило 16 сочинений, которые рассматривала специальная комиссия, назначенная общим собранием Академии наук. Два из них комиссия отклонила, так как они не соответствовали правилам о премиях имени митрополита Макария. Для остальных сочинений были назначены рецензенты — частью из числа академиков, частью из посторонних ученых. Получив отзывы рецензентов, комиссия обсудила достоинства каждого из 13 сочинений
Первую полную премию получил А. Петрушевский за свой труд «Генералиссимус князь Суворов». В рецензии отмечалось, что автор поставил своей целью изобразить русского полководца не легендарным богатырем, а живым человеком со всеми его страстями, достоинствами и недостатками. Исследование А. Петрушевского предназначалось для широких кругов образованной публики русского общества, а не только для военных, поэтому автор старался избегать излишней военной терминологии и подробного описания военных баталий.
Вторая полная премия была присуждена В.В. Докучаеву за сочинение «Русский чернозем». Это обширное сочинение стоило автору шести лет усиленной работы и является результатом его многочисленных поездок в главные черноземные районы страны для изучения на месте как типичного чернозема, так и перехода его к другим почвам. Рецензенты отмечали, что труд этот для России имеет большое научное и практическое значение; ни в какой другой стране Европы изучение почвы не обещает столь плодотворных результатов, как в России. Здесь имеются еще огромные пространства девственных земель, и почвы находятся под влиянием самых разнообразных условий климата, растительности, грунта, рельефа местности и т. д.
Неполные премии на первом конкурсе премий имени митрополита Макария получили А.А. Тилло за «Опыт нивелировки Российской Империи» — исследование о точном рельефе поверхности России, С.А. Давыдова за исследование «Русское кружево» и Ф.П. Кеппен за сочинение «Географическое распространение хвойных деревьев в Европейской России и на Кавказе» (с таблицею рисунков и 3 картами).