Новоиспеченный маршал империи получает пост генерал-губернатора оккупированного французами Ганновера. И здесь Бернадот добился большой популярности у ганноверцев, умело сдерживая их возмущение, вызванное политикой Наполеона.
Показательно, что в дальнейшем имя маршала Бернадота неоднократно упоминалось полицией в связи с республиканскими заговорами. Но тот, как «член семьи» Бонапартов, теперь всегда пользовался доверием императора.
Началась серия войн наполеоновской Франции против 3-й и 4-й антифранцузских коалиций европейских монархий. Маршалу вручается командование 1-м армейским корпусом. Война против Австрии и России 1805 г. дала ему новую славу в сражениях под Ульмом и Аустерлицем. В последнем из них Бернадот командовал центром французской армии и во многом способствовал общей победе. Император сделал его владетельным князем Понте-Корво.
В ходе Русско-прусско-французской войны 1806–1807 гг. он принимает участие в сражениях при Заафельде, Йене и Галле. Вместе с маршалами Мюратом и Сультом подвергает разгрому прусскую армию, которой командовал Блюхер, в сражении при Любеке. Пруссакам пришлось здесь и в Раткау капитулировать перед французами.
Здесь сложила оружие перед французами и шведская дивизия. Маршал Бернадот очень хорошо отнесся к военнопленным шведам, что впоследствии в его судьбе сыграло немаловажную роль. Однако он не смог предотвратить устроенную его солдатами резню в городе Любеке. В 1806 г. в плен к французам попало около 4 тысяч шведов (отряд полковника Г. Мернера), Бернадот принял капитулировавших крайне любезно и завоевал их симпатию.
После этого Бернадот командовал французскими войсками в Северной Германии и Дании, а затем был отправлен в Польшу. Там он в бою при Морунгене нанес поражение отряду русских войск генерал-майора Е.И. Маркова. Император благоволил к нему, назначив «члена семьи» командующим оккупационной армией и своим наместником в Северной Германии (губернатором Ганзейских городов).
В феврале 1807 г. маршал, командуя 9-м армейским корпусом, очистил от английского десанта остров Вальхерн. В ходе боевых действий в плен к французам попало полторы тысячи шведов. Бернадот обращался с ними весьма гуманно, что сделало его имя в Швеции весьма популярным.
В бою при Шпандене маршал получил тяжелое ранение, и ему пришлось оставить армию для излечения. Когда в 1809 г. началась война против Австрии, он вместе с корпусом Вандама разбил армию эрцгерцога Карла при Линце. Затем последовал большой личный успех в сражении при Ваграме: его полки успешно атаковали неприятеля в центре позиции.
Постоянные победы маршала империи вызывали неприязнь к нему полководца Наполеона. Отношения их обострились. Венценосец стал обвинять Бернадота в том, что по его вине союзные Бонапарту саксонские войска и корпус принца Евгения потерпели неудачу, то есть отступили. Результатом таких нападок стало то, что маршал покинул армию и уехал в Париж.
В это время англичане высадили десант на континент и захватили Флиссинген. Совет министров поручил маршалу Бернадоту сформировать армию для защиты береговой зоны империи. Тот успешно и быстро решил поставленную перед ним задачу и во главе 80-тысячной армии двинулся к Флиссенгену. Англичане не стали принимать сражение и покинули территорию Франции.
Наполеон стал искать виновных и приказал расстрелять сдавшего Флиссинген генерала Мона. Опасаясь Бернадота, стоявшего во главе большой боеспособной армии в его тылах, император назначил его генерал-губернатором в Рим, а затем уволил неудобного победного полководца в отставку. Казалось, что на биографии князя Понте-Корво был поставлен жирный крест.
В это время в Швеции возник кризис престолонаследия: король Карл XIII не имел наследников. Стали искать подходящую кандидатуру на титул наследного принца. И тут шведские офицеры, хорошо знавшие Бернадота по военным действиям в Европе, выдвинули кандидатуру маршала Франции. В Париж с таким предложением был отправлен курьер. Жан Батист Жюль Бернадот не отказался стать наследником шведского престола.
В августе 1810 г. он был утвержден шведским избирательным риксдагом в городе Эребру наследником королевского престола. На такое решение Бернадот дал свое согласие и высказал желание перейти в лютеранство, которое являлось официальной религией Швеции.
В том же августе бездетный монарх шведов издал указ, по которому он усыновлял Бернадота под именем Карла Юхана. Новый наследник престола прибыл в Швецию в октябре того же года и с триумфом был принят в Стокгольме. Вскоре он принял лютеранство.
Император Наполеон, давший свое согласие на такое избрание своего опального маршала, составил для него «условия», по которым Бернадот должен был гарантировать, что Швеция никогда не выступит против Франции. Бонапарт хотел видеть в шведской армии свою союзницу в предстоящей войне против России, но он явно недооценил Бернадота, который давно уже не питал к нему симпатий.