С приходом белогвардейцев в Туркестан Федоров был арестован и выслан на Кавказ. Принимал участие в работе подпольной коммунистической группы. В конце августа 1919 года деникинская контрразведка напала на след подпольщиков, и Федоров был вновь арестован. Белогвардейский суд приговорил его к расстрелу, однако в конце декабря того же года по «манифесту Деникина» он был помилован и направлен на «перевоспитание» в караульную роту во Владикавказ. В январе 1920 года бежал в Тифлис, где поступил на работу секретным сотрудником Особого отдела 10-й армии.
С 1920 по 1922 год Федоров работал на Кавказе в качестве начальника отделения Особого отдела Батумского укрепрайона. В 1922 году был откомандирован в Кутаиси на должность начальника отделения Закавказской ЧК.
В 1922 году Федоров был переведен на работу в центральный аппарат ГПУ. Являлся активным участником операции «Синдикат-2», завершившейся в 1924 году выводом в СССР и арестом руководителя террористической белогвардейской организации «Народный союз защиты Родины и свободы» Бориса Савинкова. В данной чекистской операции Федорову отводилась одна из главных ролей.
Через эмиссара Савинкова в Москве Федоров вышел на самого руководителя белогвардейской организации. Выступая в качестве лидера легендированной чекистами организации «Либеральные демократы», разведчик неоднократно по заданию ГПУ выезжал в Париж и другие европейские страны, где встречался с Савинковым и активистами его организации, а также с британским разведчиком Сиднеем Рейли. Бывая по заданию Дзержинского в Польше, Федоров встречался с сотрудниками военной разведки этой страны, которых снабжал специально подготовленными в Москве дезинформационными материалами.
Борис Савинков настолько поверил в реальность существования «Либеральных демократов» и словам Федорова о том, что этой организации нужен энергичный вождь, что в августе 1924 года решился лично посетить СССР. Савинков был арестован чекистами на конспиративной квартире в Минске и доставлен в Москву на Лубянку. Арест вызвал у террориста, заявлявшего, что он не боится смерти, серьезный надлом и полную капитуляцию. Допросы Савинкова вели Артузов и его заместитель Пиляр. Он признал свое поражение и дал высокую оценку работе чекистов.
Что же касается самого Федорова, то в операции «Синдикат-2» он проявил исключительную смелость, находчивость и самообладание. Он выдержал неоднократные проверки со стороны польской контрразведки, а также со стороны ближайшего помощника Савинкова полковника Павловского, который требовал от разведчика признания в своей принадлежности к ВЧК.
В 1924 году Андрей Павлович был награжден орденом Красного Знамени, а позже – нагрудным знаком «Почетный работник ВЧК – ОГПУ».
Приведем выдержку из рапорта заместителя начальника контрразведывательного отдела ГПУ – ОГПУ Романа Пилляра на Федорова, представленного к государственной награде за участие в операции «Синдикат-2»:
«Тов. Федоров провел главную роль в разработке дела Савинкова. На этой работе проявил небывалую выдержку и инициативу. Посылался по нашим заданиям нелегально через Польшу в Париж к Б. Савинкову. Неоднократно подвергался риску, проявляя в опасные моменты смелость, находчивость и стойкость».
В тот же период Федорову довелось принимать активное участие в реализации чекистской операции «Трест», завершившейся арестом международного шпиона и заговорщика британского разведчика Сиднея Рейли. 5 ноября 1925 года Сидней Рейли, приговоренный революционным судом к смертной казни еще в 1918 году за участие в «заговоре послов», был расстрелян.
В 1933–1937 годах Федоров являлся начальником разведывательного отдела УНКВД Ленинграда и Ленинградской области. 3 августа 1937 года он был арестован вместе с другими чекистами, которым были известны некоторые интимные подробности убийства Сергея Мироновича Кирова. Федорову были предъявлены вздорные обвинения в «шпионаже» и в принадлежности к так называемому «троцкистско-зиновьевскому блоку».
20 сентября того же года майор госбезопасности Андрей Павлович Федоров был осужден к высшей мере наказания и в тот же день расстрелян. Реабилитирован посмертно Военной коллегией Верховного суда СССР 14 апреля 1956 года.
Имя Андрея Павловича Федорова, как одного из выдающихся представителей первого поколения чекистов-разведчиков, занесено на Мемориальную доску Службы внешней разведки Российской Федерации.
Сергей Третьяков