Программа, однако, должна была учитывать такие важные особенности Российской империи, как ее многонациональный характер, преобладающую роль крестьянства и слабое развитие капитализма. В связи с этим она провозглашала полное равноправие всех наций и признавала за ними право на самоопределение. Аграрные требования в то время были сформулированы достаточно осторожно — социал-демократы не добивались ликвидации помещичьего землевладения, а только требовали вернуть крестьянам «отрезки», отобранные у них реформой 1861 г. Программа отмечала, что главная цель партии — победа пролетарской революции — не может быть достигнута сразу. Социалистической революции должна предшествовать буржуазно-демократическая, в результате которой самодержавие должна сменить демократическая республика со всеми ее атрибутами (всеобщим избирательным правом, местным самоуправлением, свободой совести, печати, собраний, стачек и союзов, отделением церкви от государства, а школы от церкви, уничтожением сословий и равноправием всех граждан). Только тогда, отмечалось в Программе, возникнут условия для социалистического переворота. Но одновременно отмечалось, что и на этапе буржуазно-демократической революции руководящей силой в России будет не буржуазия (которая слаба и реакционна), а рабочий класс.
Еще при обсуждении программы между делегатами не раз возникали принципиальные разногласия. Окончательно единство было разрушено при обсуждении устава и при выборе центральных органов. Уже первый параграф устава — о членстве в партии — вызвал непреодолимые противоречия. В формулировке, предложенной Лениным, говорилось, что членом партии считается всякий, признающий ее программу и поддерживающий партию как материальными средствами, так и личным участием в одной из партийных организаций. В формулировке, предложенной Мартовым, личного членства не требовалось — достаточно было признавать программу и оказывать партии содействие. Несмотря на видимую близость формулировок разногласия носили принципиальный характер. Ленинская редакция предполагала, как уже говорилось, создание небольшой, но жестко централизованной организации профессиональных революционеров; мартовская — создание многочисленной социал-демократической партии по типу тех, что уже существовали в Западной Европе, то есть с большим количеством членов и с широкой внутренней демократией. По существу, разногласия далеко выходили за пределы обсуждаемого вопроса — речь шла о двух разных подходах к политической борьбе и двух разных пониманиях ее сути. Большинство на этот раз осталось за сторонниками Мартова. Но при выборах в центральные органы партии — в ЦК, Совет партии и редакцию «Искры» — сторонники Ленина имели твердое большинство. Он сумел провести своих ставленников на все ключевые посты и оттереть от них последователей Мартова. (Сам Ленин вместе с Мартовым и Плехановым был избран редактором «Искры».) С этого момента фактически произошел раскол партии на две фракции: большевиков (сторонников Ленина) и меньшевиков (его противников). Дальнейшие события показали, что разногласия между ними носили непримиримый характер. Не только на внутрипартийную организацию, но и на многие другие вопросы политической борьбы они смотрели по-разному. Существовать в рамках единой организации они не могли. Но это стало окончательно ясно только после многих лет упорной внутрипартийной борьбы.