Честолюбивые мечты о почестях и славе стали побудительной силой для Фрейда и во взрослой жизни. Чрезмерная жажда славы была для Фрейда в какой-то мере компенсацией за тот удар, который он получил в возрасте двенадцати лет, когда пошатнулась его вера в силу и авторитет отца. Незнакомец на улице смахнул с головы отца в грязь его новую меховую шапку и крикнул в лицо: «Еврей, убирайся с тротуара!» На возмущённый возглас сына: «И что же ты сделал?» — отец спокойно ответил: «Я сошёл с тротуара и поднял шапку». Эта робкая покорность и смирение глубоко задели Зигмунда; ему предстояло добиться того, чего ждала от него семья, не имея за спиной сильной отцовской фигуры, и понадобились четыре десятилетия, прежде чем Фрейд сумел преодолеть в себе возникшую ещё в детстве потребность заменить её каким-то другим идеалом. Окончательно избавиться от этой пассивной тяги к сильной отеческой руке ему удалось лишь тогда, когда он полностью уверовал в своё собственное интеллектуальное совершенство.
После окончания школы Зигмунд поступил в Венский университет. Причины, побудившие Фрейда выбрать медицинскую карьеру, не совсем ясны. Эта профессия никогда его особенно не привлекала, да он так и не стал традиционным врачом. Как считает Эрнст Джонс, Фрейд выбрал медицину методом исключения. «Для венского еврея выбор лежал между промышленностью и бизнесом, юриспруденцией и медициной. Первые были отброшены сразу, учитывая интеллектуальный склад Фрейда…»
Пытливость в познании природы человека всегда была основным его качеством, и он считал «триумфом своей жизни» то, что в конечном итоге ему удалось найти именно тот путь, к которому он инстинктивно стремился. Фрейд считал, что на его интеллектуальное развитие больше всего повлиял Эрнст Брюкке, один из ведущих физиологов второй половины XIX века. Он предполагал, что к изучению живых организмов применимы принципы физики и химии, и отрицал воздействие в биологии других сил, таких как таинственная живая субстанция. Фрейд твёрдо усвоил этот строго научный подход и не отступал от него до конца жизни.
Те шесть лет, что Фрейд провёл в лаборатории Брюкке, были годами его ученичества. Он досконально овладел методами гистологии, опубликовал несколько заметных статей о репродуктивных клетках угря и нервной системе некоторых низших животных и разработал ряд идей о нервных клетках и их взаимосвязях. Работа в лаборатории ему нравилась, но он не бросал своих философских раздумий. Он регулярно посещал лекции Франца Брентано, заведовавшего кафедрой в Венском университете, тогда же перевёл книгу Джона Стюарта Милля.
В 1881 году Фрейд получил медицинский диплом и ещё некоторое время продолжал лабораторные занятия в институте Брюкке, готовя себя к академической карьере. Однако он скоро понял, что академическая карьера плохо сочетается с необходимостью зарабатывать себе на жизнь, и, по совету Брюкке, решил открыть частную практику как невропатолог, хотя и не испытывал никакого интереса к лечению больных.
Поработав некоторое время ассистентом профессора Германа Нотнагеля, известного терапевта, он получил назначение на такую же должность в психиатрическом институте Мейнерта, где приобрёл свой первый опыт в области клинической психиатрии. В 1885 году он подал заявление о приёме на должность приват-доцента по невропатологии и получил это место по рекомендации Брюкке, Мейнерта и Нотнагеля. Отныне для него была открыта дорога к успешной медицинской карьере.
До тридцати лет Фрейд оставался девственником: он боялся женщин. Это его смущало, над ним посмеивались. В двадцать два года Фрейд для солидности отпустил бороду. Его уверенность в том, что в жизни он прекрасно обойдётся без женщин, была нарушена 7 мая 1883 года.
Зигмунд спешил в типографию с очередной статьёй под мышкой. Его обдала грязью проезжающая коляска. Он не успел увернуться, рукопись упала в лужу. Экипаж остановился, оттуда выглянула милая женская головка. Фрейд замер на месте: на лице девушки было такое искреннее отчаяние, что он сразу позабыл о своём желании устроить скандал. Более того, он почувствовал невероятное волнение. Он не мог дать этому научного объяснения, поскольку ни с чем подобным не сталкивался. Через некоторое время он, наконец, поставил диагноз: это любовь! Но коляска уже умчалась.
Впрочем, на следующий день ему принесли письмо от незнакомки, внизу стояла подпись — Марта Бернайс. У доктора просили прощения и приглашали на бал, куда он и отправился не раздумывая. Там Фрейда поджидало ещё одно потрясение: к нему подошли две совершенно одинаковые девушки, и он не мог сказать, кто из них была в той карете. А они смеялись, видя его изумление. «Мы сёстры, — пояснила одна, — Я — Марта, это — Минна». В июне 1884 года в саду Теленгартен торжественно отпраздновали помолвку Фрейда и Марты Бернайс, однако наречённый жених отложил свадьбу до того момента, «когда он разбогатеет».