Воспитание царевича было довольно запущенно. Первые учителя его из русских сами были людьми малообразованными, к тому же оказались не расположены к новым порядкам, вводимым Петром I. Немец Нейгебауэр, приставленный к царевичу Алексею в 1701 году, тоже оказался плохим воспитателем: будучи неуживчивого характера, он постоянно ссорился с русскими учителями и вследствие этого был удален. Да и сам царевич под влиянием родственников матери успел уже проникнуться нелюбовью к иноземцам и всему новому. Но все это при юности Алексея было еще поправимо. Новый воспитатель, барон Гюйсен, слыл человеком высокообразованным. Его программа воспитания царевича, представленная Петру I, была составлена прекрасно, и неудивительно, что царевич стал делать успехи. Барон Гюйсен отмечал, что
По мнению историка М. П. Погодина, злоумышленный совет отправить Гюйсена в чужие края дал царю светлейший князь А Д. Меншиков. Петр I назначил его гофмейстером к своему сыну, но тот самым непростительным образом пренебрег воспитанием царевича. У А. Д. Меншикова, по словам М. П. Погодина, уже тогда будто бы было преступное намерение приучить царевича к праздности и лени, дать ему возможность свободно проводить время с его родными, держащимися старины, и тем самым приготовить будущий разрыв с отцом. Ему было все равно, прилежен ли царевич во время уроков или ленив, он даже одобрял попов, которые внушали Алексею церковную обрядность и отвращение ко всем новшествам отца. Впоследствии при венском дворе царевич жаловался, что А. Д. Меншиков дурно обращался с ним, приучал к пьянству,
Бракосочетание отца с Мартой Скавронской при жизни его матери, царицы Евдокии Федоровны, было оскорбительно для царевича Алексея. Ропот духовенства, недовольного этим поступком царя, еще больше восстановил царевича против отца. К тому же со стороны ему постоянно внушали, что новый брак отца уменьшает его права на престол, да и сам он, подобно матери, может быть заточен в монастырь. А недовольные продолжали нашептывать:
Весь народ ропщет на внешнюю войну и на внутренние перемены. Для привлечения любви будущих своих подданных и для вящего обеспечения прав своих, наследник престола должен доказать своими поступками, что он будет следовать по стезям своих предков, перенесет столицу царскую паки в Москву и как своему государству, так и соседственным державам возвратит спокойствие.