В октябре 1794 года русские войска под командованием генерал-поручика графа И. Е. Ферзена разбили в районе укрепленного замка Мацейовиц польский отряд, которым предводительствовал руководитель восстания Т Костюшко. Обе стороны сражались с сильным ожесточением, но поляки не выдержали стремительного натиска русских, войска их пришли в совершенное расстройство, и к полудню 10 октября кровопролитное сражение закончилось. Тысячи повстанцев погибли. Во время преследования Т Костюшко, раненный в голову саблей и тремя ударами в пики в спину, был взят в плен, как и его друг и сподвижник Ю. Немцевич, раненный в правую руку. В плену оказались также еще пять начальников из штаба восставших, 200 офицеров и около 2000 младших командиров и рядовых.
Через три дня граф И. Е. Ферзен с войсками, обозами и пленными тронулся в путь Т. Костюшко вместе с лекарем посадили в маленькую карету, но по дороге И. Е. Ферзен получил приказ идти навстречу А. В. Суворову для осады Варшавы, и пленных препоручили генерал-майору А. И. Хрущову. В сопровождении отряда из 200 человек он должен был доставить их во внутренние пределы России.
Пленение Т. Костюшко принесло русскому правительство немало забот. Варшава еще удерживалась повстанцами, а на значительной части Литвы и Белоруссии продолжались волнения. Поэтому колонна пленных с многочисленным конвоем сначала получила приказ двигаться в обход — через Киев. Генерал-майор А. И. Хрущов вручил премьер-министру В. Титову секретный ордер, в котором говорилось:
Главного польского бунтовщика Костюшко с его секретарем Немцевичем и адъютантом Фишером отправить в Санкт-Петербург. А как сей секрет есть великой важности и для того везется под чужим именем, то с самого места имеете сказать всем., что это есть раненый в Варшаве господин генерал-майор и кавалер Милошевич, на имя которого и подорожная прилагается. Наистрожайше предписываю иметь над ним непременное бдение. Чтобы Костюшко отдельно от других везен был и чтоб., не спускано день и ночь был под глазами стерегущего офицера, и никто бы из обывателей видеться и переговариваться не имел случая.
Свой вариант по доставке Т. Костюшко в российскую столицу разрабатывал и начальник Тайной экспедиции граф А. Н. Самойлов. На случай, если маршрут конвоя пройдет через Москву, он послал своего гонца к московскому генерал-губернатору П. П. Долгорукому. В письме говорилось, чтобы пленник "нимало не останавливаясь, проехал через Москву ночью и удален от всех любопытствующих".
В Петербурге руководителя польского восстания заключили в Комендантский дом Петропавловской крепости, причем приказано было содержать его на особом положении. Узнику казалось, что его поместили в глубокий колодец, куда не долетают ни шум жизни, ни солнечный луч. Больная нога приковала его к койке, и целыми днями он вынужден был лежать на спине, видя перед собой только мглисто-серый потолок, цвет которого лишь к закату чуть-чуть теплел. Первые дни заключения Т. Костюшко вел внутренний спор со своим прошлым; как историк, анализировал важнейшие этапы восстания и каждый из них рассматривал с двух сторон — как событие протекало в действительности и как оно могло бы происходить, если бы удалось провести в жизнь те радикальные реформы, которые он считал нужными. Но на кого из своих генералов он мог положиться? Почти все они были заинтересованы в поражении восстания, ведь победа народа лишила бы их шляхетских привилегий…
Ежедневные допросы и душевные муки по поводу поражения вызвали у Т. Костюшко глубокую депрессию. Он страдал от головных болей, бессонницы и обмороков, отказывался от пищи. Сказывались и последствия тяжелых ранений… На допросах Т. Костюшко отрицал, что хотел ввести в Польше тот порядок правления, который тогда существовал во Франции, но признал, что имел сведения о намерениях революционной Франции субсидировать польское восстание деньгами. Он откровенно заявлял, что, если бы Франция могла содействовать возвращению Польше отнятых у нее областей и установлению в стране формы правления, согласной с желаниями польского народа, он лично не препятствовал бы заключению польско-французского трактата. Не скрывал Т. Костюшко и того, что Польша заключила бы союз и с Турцией, если бы та объявила войну России.