В ночь на 15 декабря начались аресты: наиболее опасных по повелению императора Николая I помещали в Алексеевский равелин, и первым в него посадили К. Ф. Рылеева. Препропровождая его туда, царь писал коменданту крепости:
Вслед за К. Ф. Рылеевым в равелин доставили Горского, Вишневского, Арбузова, Бодиско, В. К. Кюхельбекера ("Строжайше за ним наблюдать"). Потом в Равелин попали А. И. Якубович, Е. П. Оболенский, Н. А. Панов, братья Бестужевы, П. Г. Каховский и другие. Об М. А. Бестужеве император сделал особую приписку:
Комендантом Петропавловской крепости был тогда генерал от инфантерии, кавалер многих орденов Александр Яковлевич Сукин, которому на другой день после восстания император пожаловал звание генерал-адъютанта. На следствии комендант говорил декабристам:
Следствие по делу декабристов возглавлял сам император Николай I, и, по воспоминаниям многих из них, на допросах царь ругался, грозил, льстил, увещевал… После допроса декабристов опять отводили в крепость с записками от императора, в которых коменданту указывалось, как содержать заключенных. Одним из главных требований было — содержать декабристов в одиночном заключении.
Они сидели в Секретном доме Алексеевского равелина, в сырых и темных казематах Зотова и Трубецкого бастионов, казематах Никольской, Кронверкской и других куртин. Некоторые декабристы одно время содержались в казематах Невской куртины, и с наступлением лета жены заключенных начали подъезжать сюда на яликах, чтобы через окна переговариваться с ними. Об этом тотчас же стало известно коменданту, и узников перевели в другие тюрьмы.
А. А. Бестужев весь период следствия провел в камере № 1 Никольской куртины. Его сестра впоследствии вспоминала, как она старалась подольше задержаться при входе в крепость, так как