В июле 1798 года Нельсон, командовавший Кадикской эскадрой, совершил смелое, но неудачное нападение на город Санта-Крус на Тенерифе, одном из испанских Канарских островов. Город англичанам захватить не удалось. В бою Горацио Нельсон получил второе тяжелое ранение и на сей раз лишился правой руки.
После выздоровления Нельсон в звании контр-адмирала вновь вернулся на Средиземноморский театр военных действий и командовал эскадрой британского королевского флота.
Поначалу действия английского флота против наполеоновской Египетской экспедиции 1798–1801 годов не принесли успеха. Воспользовавшись ненастной погодой, французские корабли с войсками генерала Наполеона Бонапарта на борту смогли незаметно для англичан покинуть тулонскую гавань и на всех парусах устремились к берегам Египта, государству мамлюков под эгидой Османской империи. Нельсон со своей эскадрой бросился в погоню, но сумел настичь неприятельский флот только близ Абукирской бухты, когда Наполеон со своей армией уже высадился на берег.
Английская эскадра контр-адмирала Горацио Нельсона не смогла помешать высадке французских войск. Зато 1–2 августа 1798 года ей удалось в морском сражении при Абукире разгромить французский флот, отрезав тем самым 30-тысячную Восточную армию генерала Бонапарта в Египте от Франции. В конечном итоге это привело к полной неудаче французской Египетской экспедиции и потере Парижем завоеванного Египта.
Французский флотоводец, вице-адмирал Ф. Брюэс имел под своим командованием 13 линейных кораблей и 4 фрегата, экипажи которых составили 10 тысяч человек. Контр-адмирал Нельсон имел под своим командованием 14 линейных кораблей с несомненно более опытными экипажами военных моряков. Он решил первым атаковать флот Франции, стоявший на якорях в Абукирском заливе, выработав смелый в тактическом отношении план морской баталии.
Английский флотоводец направил половину своей эскадры в кильватерном строю между боевой линией французских кораблей и берегом, тогда как другая половина эскадры атаковала неприятельский строй со стороны моря. Получилось так, что большая часть французского флота оказалась между двух огней. Вице-адмирал Брюэс явно не ожидал от своего противника Нельсона такой дерзости. Движение глубоко сидящих в воде линейных кораблей вблизи берега было чревато встречей с подводными мелями и скалами.
Зажатые в самом начале морского сражения между двух огней, французские моряки потерпели сокрушительное поражение. Только четыре их корабля избежали уничтожения или взятия англичанами на абордаж. Вице-адмирал Брюэс погиб в бою, а его флагманский линейный корабль «Лориан» взорвался – по приказу Нельсона англичане вели по вражескому флагману сосредоточенный артиллерийский огонь. Победители же в Абукирской битве не понесли потерь в корабельном составе; потери же в экипажах кораблей оказались минимальными.
Абукирская победа прославила Горацио Нельсона на всю Англию – «владычицу морей» того времени. В морском сражении он получил третье ранение, в голову, однако оно оказалось неопасным, и адмирал остался во главе средиземноморской эскадры.
После Абукирской битвы Нельсона послали в Неаполь для оказания помощи Неаполитанскому королевству в борьбе с Францией. В Неаполе он был встречен с королевскими почестями. С помощью леди Гамильтон он убедил неаполитанский двор начать войну с французами, которых с оружием в руках поддержали местные республиканцы. Но реально помочь королевству английская эскадра не смогла, и город достался французским войскам. Единственное, что смог сделать Нельсон в такой ситуации, так это в декабре 1798 года вывезти короля с семьей и приближенными в сицилийский порт Палермо.
Англичане возвратились к Неаполю тогда, когда город освободила русская эскадра, а французский гарнизон капитулировал перед русскими десантниками и отрядами королевского наместника кардинала Руффо. В тех событиях Горацио Нельсон запятнал свое имя жестокой расправой с французскими военнопленными и итальянскими республиканцами.
В 1801 году Горацио Нельсон, получивший за успешные действия в Средиземном море против французов звание вице-адмирала, был назначен вторым флагманом в эскадру адмирала Хайда Паркера. Ей предстояло действовать в Северном и Балтийском морях против Дании, которая оказывала экономическую помощь Франции и вела с ней оживленную торговлю.
Удачно пройдя пролив Зунд, английский флот, состоявший из 20 линейных кораблей (не считая фрегатов), дал сражение датскому флоту, насчитывавшему всего 10 линейных кораблей, который поддерживали береговые батареи. Вице-адмирал Нельсон атаковал противника 12 линейными кораблями, в то время как остальные под флагом адмирала Паркера оставались в резерве. Однако три английских корабля по пути сели на мель, и в морском сражении приняло участие только девять.