Как бы там ни было, прежде чем флотилия добралась до места назначения, войска конфедератов напали на форт Самтер. 12 апреля в предутренних сумерках звёздный стяг был обстрелян. На следующий день гарнизон форта капитулировал.
Считается, что война началась именно из-за этого дерзкого нападения, до глубины души ужаснувшего Линкольна, ибо случилось самое страшное: американец поднял оружие на американца. Однако на самом деле с занятием форта Самтер всё могло быть окончено, а его гарнизон можно было бы эвакуировать по всем воинским правилам. Но, судя по всему, Линкольн решился начать войну. Он вёл себя практически как диктатор. Не дожидаясь согласия Конгресса, он распорядился начать блокаду гаваней южных штатов и одновременно призвал в армию 75000 добровольцев, а также мобилизовал регулярные воинские части. Эти самовольные действия побудили ряд штатов Верхнего Юга, до сих пор остававшихся в составе Союза, также присоединиться к Конфедерации: имеются в виду Северная Каролина, Арканзас, Теннесси, а также Вирджиния, Вашингтон и Джефферсон.
Тем не менее Конфедерация оставалась слабее Севера: общая численность её населения — 5–6 миллионов белых и 3,5 миллиона рабов — была наполовину меньше, чем у северян. Но, самое главное, почти вся промышленность осталась на севере. Поэтому открытое выступление конфедератов было их стратегической ошибкой; южане ошибались, полагая, что могут завоевать северные штаты. И всё же поначалу они добились определённых успехов.
Однако для северян самым страшным фактом были не эти поражения, а очевидная незаинтересованность Англии и Франции в восстановлении Союза; уже в мае обе эти державы — неожиданно для федерального правительства — признали за Конфедерацией статус воюющей страны. Им не нужен был сильный Союз. Когда из-за войны прекратились поставки хлопка, европейские государства стали склоняться к интервенции, к открытой поддержке американского Юга.
Чтобы предотвратить эту угрозу (осуществись она, и Соединённые Штаты навеки остались бы расколотыми). Линкольн 22 сентября 1862 г. опубликовал знаменитую Прокламацию об освобождении рабов, в которой «в силу своих полномочий президента Соединённых Штатов» и, опираясь на свои военные полномочия, объявил всех рабов южных штатов с 1 января 1863 г. свободными. Правда, рабам эта прокламация ничуть не помогла, но на международном уровне именно она сыграла решающую роль. Теперь по моральным соображениям европейские державы уже не могли начать интервенцию и открыто поддержать Юг, боровшийся за сохранение рабства.
Позднее возникла легенда (очень популярная и поныне) о том, что Линкольн всю войну, с самого её начала, боролся за освобождение рабов. На самом деле освобождение негров было лишь средством выиграть войну. Главной же целью Линкольна оставалось объединение страны.
Всего за несколько месяцев до того, как Линкольн издал свою прокламацию, он заявлял, что Конгресс не имеет права освобождать в каком-либо из штатов рабов. Когда 9 мая 1862 г. генерал северян Хантер объявил всех рабов Джорджии, Флориды и Южной Каролины свободными, Линкольн дезавуировал этот указ. Хорейс Грили, издатель газеты «Нью-Йорк трибюн», в открытом письме «Вялость» упрекал президента в позиции, занятой им по вопросу о рабстве. Линкольн отвечал: «Высшая моя цель — спасение Союза, а не уничтожение или сохранение рабства. Если бы я мог спасти Союз, не освободив ни одного раба, я бы сделал это. А если бы я мог спасти Союз, освободив одних и велев освободить других, то я бы сделал и это».
После появления Прокламации об освобождении рабов война продолжалась ещё полтора года и от месяца к месяцу становилась всё более жестокой и кровавой. Это была первая война современного типа. Применялись ручные гранаты, ракеты, мины, а также пулемёты; использовались торпеды, морские мины, броненосцы, бронепоезда, аэростаты. Противники использовали друг против друга фугасные снаряды, огнемёты, пытались создать «наступательный газ удушающего действия». В Алабаме построили даже подводную лодку почти шестиметровой длины; в феврале 1864 г. она потопила возле Чарлстона неприятельский корабль; впрочем, и сама лодка затонула вместе с ним.