А на линкоре все три корабельные аварийные партии самоотверженно боролись с подступавшей водой. Наиболее тяжелая обстановка складывалась в носовой части корабля – в ее быстро затапливавшихся темных и тесных помещениях и отсеках, входы и выходы из которых разрушил взрыв и где еще оставались живые люди. Моряки нижней команды, действиями которых руководили из поста энергетики и живучести (сокращенно – ПЭЖ) Матусевич и командир дивизиона живучести инженер-капитан-лейтенант Ю.А. Городецкий, предпринимали оперативные меры по локализации последствий взрыва. Личный состав линкоровских аварийных партий (лишь одной из них командовал офицер – инженер-лейтенант А.Е. Михалюк, остальными руководили старшины) устанавливал на носовых переборках помещений, на дверях и люках – по путям распространения воды – сразу несколько эшелонов защитных подпоров. Аварийщики пытались подключить для откачки воды переносные водоотливные средства, ибо большинство стационарных на линкоре вышли из строя, но действия моряков затруднялись из-за отсутствия электропитания. С пуском резервного дизель-генератора оно было восстановлено лишь в некоторых местах линкора.
Артиллеристы корабля во главе с командиром артдивизиона главного калибра капитан-лейтенантом Марченко по приказанию Сербулова занялись осмотром погребов с боезапасом, особенно в носовых артиллерийских башнях главного калибра. Мысль о возможной детонации снарядов и о затоплении погребов не покидала многих.
Вскоре вода стала проникать в погреба первой башни главного калибра, а потом и второй. Несмотря на установку дополнительных креплений на их носовых переборках, они не выдерживали ее многотонное давление. Быстрое распространение забортной воды по кораблю вызвало крен: сначала – на правый борт, где находилась пробоина, а потом – на левый. При этом в воде оказались нижние бортовые иллюминаторы кают, часть которых оказалась незадраенной – их жильцы, сошедшие на берег в увольнение до утра и запершие их, ключи захватили с собой. Через незадраенные иллюминаторы вода хлынула внутрь помещений, еще более увеличивая крен… Задраивать иллюминаторы пришлось с помощью легких водолазов. Но, несмотря на принимавшиеся меры, положение линкора ухудшалось. Вода, продавливая переборки, попадала в основном в помещения по левому борту корабля, расположенные выше броневой палубы и ватерлинии, создавая в них большие, крайне опасные свободные водные поверхности. Тем самым верхняя часть корпуса линкора становилась тяжелее нижней и остойчивость его резко ухудшалась. Создавался так называемый опрокидывающий момент…
Через полчаса после взрыва на линкор прибыли все высшие руководители Черноморского флота: командующий вице-адмирал В.А. Пархоменко, член Военного совета вице-адмирал Н.М. Кулаков, начальник штаба вице-адмирал С.Е. Чурсин. Пархоменко всего как полгода принял флот у адмирала С.Г. Горшкова (убывшего на повышение в Москву). Теперь все действия на аварийном корабле выполнялись только по его приказам и распоряжениям. И от него – человека с двумя черными «пауками» (так между собой моряки называют большие адмиральские звезды) на золотых погонах – зависела судьба всех людей, находившихся на борту «Новороссийска». Совсем недавно Пархоменко, как командующий эскадрой, принимал линкор, часто плавал на нем и должен был знать его особенности. И вот теперь, когда подорванный корабль все глубже и глубже уходил носом в воду, одновременно кренясь на левый борт, все, кто был на нем, ждали от него спасительных решений и действий. А командующий флотом метался со своей свитой по накренившемуся кораблю с юта на бак и обратно, требуя докладов о состоянии корабля и мер по его спрямлению…
Прибыв на линкор, Пархоменко приостановил начатую было буксировку подорванного корабля и стал вникать в сложившуюся аварийную обстановку. К этому времени почти вся передняя часть линкора уже ушла под воду вместе со шпилями и толстенными якорь-цепью и цепным бриделем, которыми он крепко держался за якорь и носовую бочку (отсоединить их можно было лишь при помощи специальных резаков, доставив их на линкор, что требовало немало времени). Все это уже не позволяло отбуксировать корабль к отмели или отойти к ней своим ходом. Запоздалое приказание Пархоменко о возобновлении буксировки линкора к берегу не давало результатов – носовая часть корабля уже осела на грунт. Буксирам удалось лишь развернуть линкор кормой к берегу (при этом оттягивая ее влево и еще более увеличивая крен на левый борт!). Пошел третий час после взрыва…