Одно время в Шлиссельбурге находилась в заточении Евдокия Федоровна Лопухина — первая жена Петра I. Сосланная первоначально (1698) в суздальский Покровский монастырь, она была насильно подстрижена в монахини под именем инокини Елены. Но бывшая царица не хотела подчиняться монастырскому режиму, носила светское платье и называла себя прежним именем. Она находилась тогда в полном расцвете красоты и здоровья, ей было 25 лет, и она жаждала любви и власти. Когда в Суздаль по делам службы приехал генерал-майор Глебов, между ними случился роман, за который они оба поплатились. Генерал-майора предали «лютой казни» (посадили на кол), а Евдокию Федоровну сослали под строгий надзор в Ладожский монастырь. Екатерина I, вступив на престол, видела в ней опасную соперницу, и поэтому строптивую узницу перевели в Шлиссельбург, где содержали «в самом тесном заточении».
Одновременно с Евдокией Федоровной в Шлиссельбурге томилась царевна Мария Алексеевна, дочь царя Алексея Михайловича. Вся ее вина состояла в том, что она состояла в переписке с Е.Ф. Лопухиной, когда та еще находилась в суздальском заточении.
При Бироне в Государевой тюрьме пытали и казнили четвертованием князей Долгоруких, при Елизавете Петровне здесь были заточены раскольники, а потом и сам Бирон с семейством, и наконец несчастный Иоань Антонович.
Перед смертью импратрица Анна Иоанновна подписала манифест передаче престола трехмесячному Иоанну VI, на который он номинально вступил в октябре 1740 года. Когда в результате дворцового переворота к власти пришла Елизавета Петровна, Иоанн Антонович был обречен на вечную ссылку, а потом и на пожизненное заключение. Под именем Григория его увезли в далекую Архангельскую губернию, где секретно и под особым караулом держали 12 лет.
В марте 1856 года его привезли в Шлиссельбургскую крепость и заключили под именем «безымянного колодника» в особый секретный каземат. Условия его содержания определялись специальной инструкцией, и тайна, которой было окружено его заточение в Шлиссельбурге, была так велика, что даже комендант крепости не должен был знать, кто же такой этот таинственный узник. Надзор за Иоанном Антоновичем поручался трем офицерам, которым предписывалось соблюдать в строжайшей тайне все, что относилось к узнику. Под страхом смертной казни они не должны были никому говорить, «каков арестант: стар или молод, русский или иностранец» и т. д. Офицерам строжайше было запрещено отвечать на его вопросы, да и сам он не должен был знать, где находится, — «далеко ли от Петербурга или от Москвы».
Иоанн Антонович не получил никакого образования, так как запрещалось учить его чему бы то ни было. Однако еще в Холмогорах один из тюремщиков сжалился над несчастным ребенком и обучил его грамоте, но и это не доставляло ему радости, так как книг для чтения в Шлиссельбурге у него не было. Однако, несмотря на все принятые меры, Иоанн Антонович знал о своем происхождении и называл себя государем.
Петр III, вступив на русский престол после смерти Елизаветы Петровны, подписал указ, сыгравший роковую роль в жизни узника. Этим указом охрана обязывалась при попытке его освобождения или захвата «противиться сколько можно и арестанта живого в руки не давать». Когда поручик Я.В. Мирович, находясь в карауле, попытался освободить его, царственного узника застрелили.
Печальная участь Иоанна Антоновича чуть было не постигла самого Петра III. Свергнув мужа с престола, Екатерина II решила заточить его в Шлиссельбургскую крепость, для чего уже было приготовлено специальное помещение. Но оно не понадобилось, так как в угоду новой императрице А. Орлов и князь Барятинский собственноручно задушили бывшего императора.
Если с царственными узниками обходились так жестоко, что было говорить о простых смертных. «Исключение» составляет только раскольник Круглый, но и поступили с ним исключительно: замуровали вход в его «тесную палату», оставив только небольшое отверстие, в которое подавали хлеб и воду. Но «подлый» арестант избавил тюремщиков и от этой заботы, уморив себя голодом.