В эпоху Киевской Руси так называемая мягкая рухлядь, особенно мех соболя, ценилась наравне с благородным металлом. Поэтому зверька добывали в огромных количествах: в середине XVII столетия одна Восточная Сибирь давала 80 тысяч шкурок соболя в год, а в целом на Руси их заготавливали до 200 тысяч. Со временем этот некогда богатейший край стал оскудевать. Восточная Сибирь давала всего несколько тысяч шкур (менее пяти). Но спрос на мех соболя никогда не падал, и цены на него росли. Поэтому царское правительство было вынуждено в 1912 году запретить охоту на соболя на 3 года. А в 1914 году были организованы три экспедиции — в Саяны, на Камчатку и в Прибайкалье. Возникла идея создания специальных соболиных заповедников, в том числе Баргузинского. В 1920-е годы его существование было подтверждено указами Советского правительства.
Заповедник расположен на западных склонах Баргузинского хребта, одного из наиболее высоких в Забайкалье. Отдельные его вершины поднимаются более чем на 2800 м над уровнем моря. Хребет сильно расчленен и труднодоступен. Он задерживает осадки, которых на его западных склонах выпадает почти в два раза больше, чем за хребтом. Ученый и натуралист О. Гусев пишет: „
Климат заповедника относительно суровый, так как испытывает большое влияние Байкала. Температура воды в Байкале обычно не поднимается выше 10–12°, с января по май озеро находится подо льдом. На побережье среднегодовая температура -4,6° (зимняя -20,8°, летняя 10,3°). Последние снегопады на территории заповедника бывают еще в середине июня, а первый снег выпадает в конце августа. Лето солнечное, но часто ветреное.
Наиболее крупные реки заповедника — Большая, Езовка, Давша, Биракан, Туркулик, Сосновка, Кудалды, Шумилиха.
В заповеднике есть горячие источники с выходом на поверхность. Температура воды в этих источниках достигает 75°. Деревья около таких горячих ключей вырастают до гигантских размеров, а трава — в рост человека. Здесь образовался маленький оазис с уникальными животными и растениями.
Самым ценным термальным источником считается большереченский: он дает около 200 куб. м горячей воды в сутки, благодаря чему даже зимой не замерзает плес длиной до 200 м и шириной 5–6 м. Вот какими увидел термальные источники реки Большая зимой биолог О. Гусев: