Подробное описание Столбов было составлено в 1842 году геологом Чихачевым и опубликовано в изданной во Франции книге. С конца 80-х годов XIX века Столбы начали посещать молодые рабочие и школьники Красноярска. Здесь нелегально собиралась революционно настроенная молодежь. На скалах появились надписи, которые сохранились до наших дней. На одной скале появилось слово „Свобода“. Царские жандармы пытались стереть его, тогда на соседней скале было написано: „А все-таки свобода“, „Долой самодержавие“, „Пролетарии всех стран, соединяйтесь“ и даже появилась карикатура на Николая II.
До организации заповедника на его территории были разрушены красивейшие скалы Кизямы в устье реки Моховая и несколько камней у подножья Второго Столба. Эти скалы были взорваны динамитом по приказу енисейского губернатора.
В 1920 году Енисейский губревком постановил запретить рубку леса и ломку камня в районе Столбов и взял под защиту территорию в 4 квадратных версты. В 1925 году по инициативе известного зоолога А. Тугаринова и художника Д. Каратанова Енисейский губревком постановил учредить заповедник площадью 3630 десятин. Последующими документами правительства заповедная территория была расширена, и в 1946 году она достигла 47 тысяч га.
Для заповедника характерен средне- и низкогорный рельеф. Горы здесь сильно сглажены, расчлененность рельефа возрастает к долинам рек. Хорошо выделяется район, где на поверхность выходит около 80 изолированных скал — столбов.
Эти красивые розово-красные скалы (высотой 40-100 м) в результате эрозии приняли самые причудливые формы. Один из столбов похож на гигантскую птицу и называется Беркутом. Другой напоминает полураспущенное крыло птицы, поэтому именуется Перьями. Третий — копия бородатого старика в ушанке (Дед). Столб Львиные Ворота, образованный сводом сомкнувшихся глыб, напоминает циклопические Львиные Ворота в древних Микенах. Есть Крепость, Колокольня и др.
Средняя годовая температура в Столбах -1,2° (а это на два градуса ниже, чем в Красноярске.
Заповедник находится в зоне типичной темнохвойной горной тайги, преимущественно пихтовой с включениями кедра, а в долинах — осинниками и пихтарниками.
Флора заповедника насчитывает свыше 550 видов растений. Четко выражены вертикальные зоны растительности. Леса разделяются на два высотных пояса — нижний сосново-лиственничных разнотравных лесов (200–500 м над уровнем моря) и средний пояс горной пихтовой тайги (500–700 м). Лишь в долинах ручьев и рек пихта делит свое господство с елью, а иногда уступает место осине, но вытесняет в заповеднике лиственницу и кедр (иногда 130-150-летнего возраста).
Кедр возобновляется слабо. Тяжелые кедровые орешки не разносятся ветром, а падают под деревом — на толстый моховой покров или лесную подстилку. Лишь сибирская кедровка помогает кедру размножаться. Она вылущивает семена и прячет их на зиму. Однако основная масса семян, припрятанных кедровкой, прорастает.
У северных границ заповедника на очень небольшой площади сохранилось несколько экземпляров реликта — приенисейской формы липы сибирской. Как отмечает А. Банников,
В горах большие площади заняты ягодниками — брусникой, черникой, жимолостью. Там произрастают два вида малины, два вида красной смородины. В лесах предгорий произрастает много сибирских цветов (огоньки, ирисы, лилии, марьины коренья, башмачки и др.).