Летом 1908 года у Каплан вдруг произошло непонятное для всех расстройство зрения. После страшных головных болей она полностью ослепла. Через три дня зрение вернулось, но вскоре припадок повторился, и она утратила зрение надолго. Прежде довольно бодрая, она замкнулась в себе, отказалась от прогулок и даже обсуждала с некоторыми сокамерницами способы самоубийства. Администрация тюрьмы, ранее считавшая, что Фанни симулирует, теперь поместила ее в тюремный лазарет, где она под присмотром надзирательниц находилась почти весь 1910 год. Никто не мог понять причин случившегося. Некоторые считали, что это результат черепно-мозговой травмы, полученной при взрыве бомбы в 1906 году. Может быть, и так, но здесь стоит вернуться в тот год и к тому человеку, который скрылся после взрыва. Дело в том, что после осуждения Каплан полиция не закрыла дело о взрыве. Она разыскивала проживавшего у нее в номере по фальшивому паспорту на имя Зельмана Тома то ли румына, то ли выходца из Бессарабии, который уже ранее находился в розыске после ограбления вооруженной бандой магазина в Кишиневе. Еще раз он отличился там же при ограблении банкирской конторы. В подпольных кругах его знали под кличками Сашка-белогвардейщик, Реалист, 3. Тома, Я. Шмидман. Человек этот являлся членом Южнорусской группы анархистов-коммунистов. В 1908 году его все же арестовали в Одессе. При задержании он оказал вооруженное сопротивление и ранил двух городовых и сторожа. Трех участников банды приговорили к повешению, а Шмидмана (под таким именем он предстал перед судом) как несовершеннолетнего – к тюремному заключению сроком на 12 лет. Через четыре месяца тюрьмы он вдруг неожиданно дал показания о взрыве в Киеве, подчеркнув, что Ф. Каплан непричастна к случившемуся и что бомбу принес он. Однако проверка его показаний затянулась, а затем и вовсе прекратилась. Тогда Шмидман задумал вооруженный побег, но он был пресечен в конце 1908 года. Интересно, что при обыске в его камере были обнаружены две упаковки цианистого калия и шифрованная переписка. Вполне возможно, что Фанни узнала о признании своего друга и рассчитывала на перемены в своей судьбе. Когда же ничего не произошло, у нее и начались непонятные для всех припадки с потерей зрения: очевидно, охватило отчаяние и чувство обреченности.
В 1911 году «бессрочницу» Каплан из Мальцевской тюрьмы отправили в Акатуй, на Нерчинскую каторгу – самую страшную в России. И не просто отправили, а в ручных и ножных кандалах. В Акатуе она познакомилась с известной деятельницей революционного движения Марией Спиридоновой и под ее влиянием из анархистки превратилась в эсерку. Однако вскоре незрячую узницу поместили в лазарет, где находились больные прогрессивным параличом, слабоумием, скоротечной чахоткой. Здесь уже было не до идей: ни до анархистских, ни до эсеровских. Полная безысходность. Положение стало меняться с 1912 года, когда врач, инспектировавший пенитенциарные учреждения Нерчинского края, осмотрел Фанни и, увидев, что ее зрачки реагируют на свет, посоветовал перевести Каплан в Читу. В следующем году, после амнистии в связи с 300-летием дома Романовых, пребывание Фанни на каторге сократили до 20 лет, а затем положили ее в специальную лечебницу, где ее зрение стало улучшаться. Родители Каплан к тому времени эмигрировали в США, а ей самой пришлось оставаться на каторге до Февральской революции 1917 года.
После освобождения Фанни некоторое время жила в Чите, а в апреле переехала в Москву. Здоровья не было, зрение не восстанавливалось. Товарищи по партии эсеров отправили ее подлечиться в Евпаторию, где Временное правительство, проявив заботу о жертвах царизма, открыло санаторий для бывших политкаторжан. Затем она приехала в Харьков, в клинику известного офтальмолога Л. Л. Гиршмана, где ей была сделана операция на глазах. Здесь Каплан и застало известие об Октябрьском большевистском перевороте. Из Харькова Фанни вновь переехала в Крым и некоторое время вела в Симферополе курсы по подготовке работников волостных земств.