Занимаясь самообразованием, Александр открыл для себя русских религиозных философов – Н. Бердяева, Н. Лосского, В. Соловьева. И это в возрасте 15 лет! Чтобы лучше понять Библию, подросток изучал историю античности и Древнего Востока. В этом же возрасте он написал свое первое богословское эссе и начал прислуживать в церкви. По окончании школы, в 1953 году Александр поступил в Московский пушно-меховой институт. Самостоятельно он продолжал изучать богословие, читал П. Флоренского, начал работу над своей первой книгой «О чем говорит Библия и чему она учит». В 1955 году институт перевели в Иркутск, где Александр познакомился с епископом церкви, находящейся недалеко от здания института, для которого выполнял различные поручения. В 1956 году Мень женился на студентке Наталии Григоренко, ставшей его верной спутницей на всю жизнь.
В том же 1956 году состоялся XX Съезд Коммунистической партии, на котором Никита Хрущев прочитал знаменитый доклад о преступлениях Сталина. Началась «оттепель», затронувшая и религию – открывались церкви, возвращались священнослужители, открыто проводились службы. Но радость верующих была недолгой. Уже в 1958 году партия начала большую антирелигиозную кампанию. Во время последней экзаменационной сессии Александра исключили из института из-за его связи с церковью. Молодой человек расценил это, казалось бы, печальное событие как знак свыше.
Вернувшись в Москву, 1 июля 1958 года, на Троицу, Александр был посвящен в диаконы. Два года он прослужил в приходе возле подмосковной станции Одинцово, где молодую семью с годовалой дочкой поселили в обветшалый дом. Мень заочно учился в эти годы в Ленинградской семинарии, по окончании которой в 1960 году был рукоположен в священники и назначен вторым священником в Алабино. Тамошний храм находился в плачевном состоянии, и отец Александр разработал целую программу по реставрации и ремонту. Семья, в которой появился второй ребенок, жила в небольшом домике на церковном участке. За время работы в Алабино Мень опубликовал около 20 статей в «Журнале Московской Патриархии», в свободное время он продолжал писать книги. Вокруг молодого священника начала создаваться небольшая община христиан, были среди них и изначально верующие, и недавно обратившиеся, что не могло не привлечь внимание властей. Несмотря на то что в середине 1960-х годов антирелигиозная волна начала спадать, в 1964 году уполномоченный совета по делам православной церкви потребовал, чтобы отец Александр покинул Алабино.
Следующим местом службы Александра Меня стала подмосковная Тарасовка, где священник даже не имел места, чтобы принимать прихожан. С приходом к власти Брежнева отношение к религии заметно смягчилось, презрение сменилось любопытством, нападки на церковь прекратились, сменившись административным давлением. Отец Александр мог более открыто осуществлять свое призвание – вести людей к Христу; молва о нем быстро распространялась, возрастало число людей, искавших с ним встречи. Количество людей, постоянно окружавших отца Александра, волновало настоятеля храма, и в конце концов он отправил донос в КГБ. Еще целый год пришлось работать Меню рядом с доносчиком, прежде чем ему удалось перейти в другой приход, в Новую Деревню, где он прослужил до самой смерти.
Состав прихода отца Александра не был похож на обычный сельский приход: наряду с традиционными местными верующими, в основном пожилыми женщинами, к нему из Москвы приезжала интеллигенция, молодежь. Священник находил время, чтобы пообщаться с каждым, он ходил по домам, принимал людей у себя дома. Всем, кто к нему обращался, он оказывал помощь, причем не только духовную, но и моральную, и материальную, соединял людей, которые могли помочь друг другу. «Будучи священником, я стремился сплотить приход, сделать его общиной, а не сборищем случайных малознакомых людей. Старался, чтобы они помогали друг другу, молились вместе, вместе причащались», – говорил Александр Мень. Двери деревянного дома в небольшой деревне Семхоз, где обосновалась его семья, всегда были открыты для всех, кто искал встречи со священником. «Если бы меня спросили, как чувствует себя душа, попавшая в рай, я ответил бы: точно как в доме отца Александра. Ничего особенного, просто хорошо», – вспоминал один из друзей священника.