К экспериментальным исследованиям электромагнетизма, которые увековечили его имя, Ленц приступил в 1831 году в академической лаборатории. В этом году Фарадей открыл явление электромагнитной индукции. Узнав об этом открытии, Ленц сразу же начал исследования, целью которых было определение закономерности этого явления. Особенно ученого интересовало направление индукционного тока. 29 ноября 1833 года в докладе Академии наук Ленц сообщил о найденном правиле, позже названном его именем. Согласно правилу Ленца, индукционный ток имеет такое направление, что созданный им поток магнитной индукции через площадь, ограниченную контуром, стремится компенсировать изменение потока, которое вызывает данный ток. Доклад этот быстро получил всемирную известность и был опубликован во многих странах Европы. Следует отметить, что правило Ленца ценно не только само по себе, как способ определения направления тока. Оно является важной закономерностью теоретической электродинамики. Кроме того, в 1847 году Гельмгольц математически обосновал закон сохранения энергии и показал, что правило Ленца является следствием этого закона в области электромагнитных явлений.
Научную деятельность Эмилий Ленц сочетал с общественной работой в Академии наук. В 1834 году он стал штатным академиком по физике. Также, в период с 1832 по 1836 год, Ленц обрабатывал и публиковал результаты Кавказской экспедиции.
В 1836 году Эмилий Христианович получил приглашение возглавить кафедры физики и физической географии Петербургского университета. В дальнейшем деятельность ученого была во многом связана с университетом. В 1840 году он стал деканом физико-математического факультета, а в 1863-м – ректором. Но педагогическая деятельность Ленца работой в университете не ограничивалась. Он долгие годы заведовал кафедрой физики Главного педагогического института, преподавал в Морском кадетском корпусе, Михайловской артиллерийской академии. Учениками Ленца были Менделеев, Тимирязев, Семенов-Тян-Шанский и многие другие известные ученые. В 1839 году Эмилий Христианович закончил работу над учебным пособием «Руководство к физике, составленное для русских гимназий». Эта книга благодаря сочетанию высокого научного уровня и доступности изложения стала одним из самых популярных учебников физики и многократно переиздавалась. Ленц постоянно вносил в учебник дополнения и исправления в связи с новыми открытиями в физике. Последнее, тринадцатое издание «Руководства к физике» вышло в 1870 году, уже после смерти автора.
Но все хлопоты, связанные с преподаванием, составлением учебника и административной работой не мешали Ленцу проводить научные исследования. В 1842 году он провел серию блестящих экспериментов по изучению теплового действия электрического тока. Результатом стала статья «О законах выделения тепла гальваническим током», в которой Ленц изложил установленный им закон теплового действия тока. Согласно этому закону, количество теплоты, выделяемое в проводнике при прохождении через него электрического тока, прямо пропорционально квадрату силы тока и сопротивлению проводника. Годом раньше к таким же выводам пришел и английский физик Джеймс Прескотт Джоуль. Сейчас закон носит имя обоих ученых.
Одновременно с этими экспериментами Ленц начал активно сотрудничать с известным физиком и электротехником Борисом Семеновичем Якоби, создателем электродвигателя и гальванопластики. Совместно ученые исследовали электромагниты и магнитные свойства железа. Они разработали методики расчета параметров электромагнитов в электрических машинах. Результаты совместных исследований двух выдающихся ученых публиковались в 1838–1844 годах в работе «О законах электромагнитов». Позже Ленц исследовал закономерности влияния температуры на сопротивление металлов, открыл обратимость электрических машин.