После того как Александр II был убит, на трон взошел Александр III, который тоже был увлечен славянофильством. Во время одного из торжественных и многолюдных банкетов Скобелев выступил с речью, которая очень возмутила всех западников, преклоняющихся перед «прогрессивной Европой». После этого выступления появилось четверостишье: «И вот – один не раб из всех вверху стоящих, один наш Скобелев смел правду вслух сказать. О язвах, издавна жизнь русскую мертвящих! О том, где корень зла – и в чем лекарств искать».
Над Славянским Гарибальди сгущались тучи. Михаил Дмитриевич сам предвидел свою близкую смерть. В последние месяцы жизни он стал очень раздражительным. В его разговоре нередко слышались пессимистические нотки. Необычно часто Михаил Дмитриевич заводил разговоры о недолговечности жизни. И неожиданно для всех стал продавать ценные бумаги, золотые украшения и недвижимость. Тогда же им было составлено завещание, по которому родовое имение Спасское должно было перейти в распоряжение инвалидов войн. В это же время среди писем, что приходили прославленному генералу, все чаще и чаще стали попадаться анонимки с угрозами. Кто и почему их написал, неизвестно до сих пор. К несчастью, дома он тоже не находил поддержки. Его брак оказался на редкость несчастливым. Детей, о которых он так мечтал, у него не было. А девушка, которую он полюбил незадолго до смерти, не ответила ему взаимностью.
По окончании маневров 22 июня 1882 года Михаил Дмитриевич Скобелев выехал в Москву. О цели своей поездки он доложил начальнику штаба Духонину: «Собираюсь навестить могилы родителей и проверить ход строительства школы и больницы в своем имении». Разговор их закончился тревожно. «Все на свете – ложь! Даже слава…» – сказал Скобелев.
В последний день своей жизни Михаил Дмитриевич чувствовал себя очень одиноким. 24 июня он побывал в гостях у своего лучшего друга Аксакова, оставил у него целый ворох бумаг, сказав: «Последнее время я стал подозрительным». А уходя в 11 часов вечера, произнес с тоской: «Я всюду вижу грозу». Затем, остановившись в гостинице «Дюссо», написал приглашение на обед 26 июня В. И. Немировичу-Данченко.
В полдень 25 июня Михаил Дмитриевич находился в ресторане «Эрмитаж». Он одиноко сидел за столом в полной задумчивости, ни с кем не общался. К вечеру одиночество стало невыносимым. Поэтому Михаил Дмитриевич направился в Столешников переулок, где находилась ресторация «Англия». Он надеялся, что веселое застолье и хороший ужин в приятной компании развеселят его, отвлекут от мрачных мыслей. Пир был в самом разгаре, когда из соседнего кабинета вышел мужчина и предложил выпить бокал шампанского. Михаил Дмитриевич не отказался, потому что услышал, как из кабинета доносились здравицы в его честь. Хандра не проходила. Даже очарование известной всей Москве кокотки Ванды (настоящее имя Шарлотта Альтенроз) не смогло его развеселить. Эта женщина имела в своем распоряжении шикарный номер на нижнем этаже «Англии». Именно туда удалился Скобелев вечером. Через некоторое время из номера послышался страшный крик, а еще через несколько минут к дворнику прибежала испуганная и заплаканная Ванда. Она с трудом смогла выдавить из себя слова: «У меня в номере умер офицер». Дворник тотчас послал за полицией. Конечно же, известного всей России генерала сразу же опознали. Его тело было перевезено в гостиницу «Дюссо». Полиция опровергла версию об участии или соучастии Ванды в смерти Скобелева. Но за ней навсегда закрепилось прозвище Могила Скобелева.
Смерть Скобелева потрясла всю Москву. Даже Александр III направил его сестре Надежде Дмитриевне письмо со словами: «Страшно поражен и огорчен внезапной смертью вашего брата. Потеря для русской армии труднозаменимая и, конечно, всеми истинно военными сильно оплакиваемая. Грустно, очень грустно терять столь полезных и преданных своему делу деятелей».
Через некоторое время были оглашены результаты вскрытия тела Скобелева, которое производил прозектор Московского университета Нейдинг. Он констатировал смерть от паралича сердца и легких. В связи с этим Андрей Шолохов писал в своей статье: «Никогда раньше Скобелев не жаловался на сердце». Хотя его врач О. Ф. Гейфейдер во время туркестанского похода находил признаки сердечной недостаточности, отмечая в то же время совершенно необыкновенную выносливость и энергию генерала.
Причина смерти Скобелева так и осталась невыясненной. Позднее она обросла огромным количеством версий, легенд, домыслов и даже абсурдными идеями о самоубийстве.
Существуют две основные версии насильственной и ненасильственной смерти. Версий ненасильственной смерти ходило несколько, но наиболее правдоподобной из них являются две. Первая версия была официальная: смерть наступила от паралича легких и сердца. А вторая заключалась в том, что Скобелев скончался в результате кровотечения от разорвавшегося венозного расширения в паху, которым издавна страдал.