Значительно сложнее обстояло дело с творчеством. Между многочисленными и хлопотливыми занятиями композитор находил время для вокальных миниатюр — в эти годы создаются песни на тексты из сборника народных немецких песен и баллад писателей-романтиков начала XIX века А. фон Арнима и К. Брентано «Чудесный рог мальчика». На протяжении многих лет Малер обращается к этому неиссякаемому источнику жемчужин народного творчества. Песни становятся своего рода музыкальным дневником композитора и вместе с тем — лабораторией, в которой созревают особенности его стиля. Именно там композитор вырабатывает основные типы симфонического тематизма — патетико-драматический, лирико-романсный, народно-песенный, гротескно-стилизованный. Каждая из этих песен — маленький шедевр, непревзойденный по выразительности мелоса, точности найденных красок. Однако приступить вплотную к более крупному замыслу у музыканта не находится времени. Семь лет он вынашивает свою Вторую симфонию, задуманную еще в Касселе, как непосредственное продолжение Первой — осмысление жизни героя после его смерти. Премьера симфонии состоялась лишь в 1895 году, и с этого времени, несмотря на продолжавшиеся разногласия среди критики, Малера уже нельзя было считать только дирижером, на досуге развлекающимся сочинением. Стало ясно, что в музыкальной жизни произошло крупное событие.
В том же году произошло еще одно событие, уже в личной жизни музыканта: в труппу гамбургского театра была приглашена молодая талантливая певица Анна Мильденбург. К тому времени театр был расколот интригами, и против Малера сложилась партия, которая стала восстанавливать новенькую, запугивать тираническим характером дирижера. Однако у девушки хватило понимания того, что требования Малера, порой действительно казавшиеся чрезмерными, направлены на развитие ее таланта, на наилучшее воплощение роли. Ей привелось много заниматься непосредственно с дирижером, который почувствовал в певице подлинную увлеченность музыкой и благодарный материал для развития. Вскоре молодых людей связала не только музыка — они обручились. Умная и чуткая певица была посвящена во все творческие планы художника, разделяла его горение новым замыслом — Третьей симфонией. Однако браку не суждено было осуществиться. Композитор, тоскующий по верной спутнице жизни, которая разделила бы с ним судьбу, объяснял одному из друзей: «Одиночество для меня важнее всего, все в моем творчестве от него зависит. Таким образом, моя жена должна согласиться, чтобы я жил далеко от нее, например, она в первой, а я — в шестой комнате с отдельным входом. Она должна согласиться и с тем, чтобы появляться у меня в определенное время… Наконец, она не имела бы права не только обижаться на меня, но и вообще замечать какую-либо отчужденность, холодность или упадок настроения… Короче, она должна была бы обладать такими качествами, которых не найдешь у самой лучшей и самоотверженной женщины». Анна меньше других подходила к этой роли. Ей — артистке — постоянно нужна была помощь Малера, его внимание. Ей нужен был наставник, руководитель, который не считался бы ради нее со временем.
В Гамбургской театре Малеру становилось с каждой неделей труднее: директор откровенно ненавидел его и делал все, чтобы жизнь дирижера стала невыносимой. И в 1897 году музыкант перебрался в Вену (до этого были гастроли в России — Малер побывал в Москве, где выступал как дирижер). Там ему предложили пост третьего дирижера Придворной оперы. Его работа с музыкантами произвела такое впечатление, что уже через несколько месяцев он был назначен директором. В этой должности он пробыл десять лет и за эти годы сделал свой театр первым оперным театром мира.
К тому времени он пришел в лоно католической церкви. Некоторые биографы связывали факт крещения музыканта с тем, что по существующим правилам только католик мог занимать предложенное Малеру место. Однако на этот шаг он решился вовсе не случайно и не по конъюнктурным соображениям, а в полном соответствии со своими убеждениями. Достаточно вслушаться в его музыку, оценить концепцию хотя бы Второй симфонии, которую современники называли «Симфония Воскресения». Вот строки из книги его жены, Альмы Малер: «В двадцать лет я познакомилась с Густавом Малером… Он был человеком верующим и крестился отнюдь не из соображений карьеры… У меня сохранилось его письмо более позднего времени, которое представляет собою ответ на мое утверждение, что Платон в известном смысле значительно выше Христа. Густав Малер был решительно не согласен с такой постановкой вопроса. Малер не мог пройти мимо церкви, чтобы не зайти в нее. Во мне же все противилось этой его набожности. Он искренне любил католический мистицизм…»