В те же годы происходит встреча с женщиной, с которой Штраус обретает семейное счастье до конца своих дней. Паулина де Ана, старше его на два года, была известной певицей, несколько раз удостоившейся чести быть приглашенной в знаменитый вагнеровский театр в Байрейте. Молодые люди познакомились на отдыхе близ Мюнхена в августе 1887 года, четыре года спустя встретились в Байрейте, где певица исполняла партию Елизаветы в «Тангейзере», а лето 1893 года композитор провел на вилле де Ана в Верхней Баварии. Год спустя состоялось обручение в Веймаре — в день премьеры первой оперы Штрауса «Гунтрам» под управлением жениха и с невестой в главной женской роли. Тем же летом обрученные еще раз выступили вместе — в «Тангейзере»: Штраус получил свое первое приглашение на вагнеровский фестиваль в Байрейт. Вскоре состоялось бракосочетание. Свадебным подарком Штрауса «моей любимой Паулине» стали песни ор. 27. Рождение их единственного сына Франца в 1897 году было отмечено циклом из шести песен ор. 37, посвященным «моей дорогой жене ко дню 12 апреля». Выйдя замуж, Паулина не прекратила концертной деятельности и нередко принимала участие в гастролях Штрауса. А он запечатлел картины семейной жизни — и безоблачной, и омраченной ревностью — в Домашней симфонии и опере «Интермеццо».
В 1898 году Штраус переселяется в Берлин и на протяжении почти двадцати лет работает дирижером Придворной оперы. Завязав дружеские и творческие связи с выдающимися деятелями театра — режиссером М. Рейнхардом и драматургом Г. фон Гофмансталем, композитор снова обращается к опере, но «Без огня» оказалась столь же незрелой и малосамостоятельной, как первенец «Гунтрам». И Штраус вновь вернулся к программной симфонической музыке, закончив в 1903 году свою первую симфонию, близкую к поэме — одночастную Symphonia domestica (Домашняя симфония). После чего окончательно отдал предпочтение музыкальному театру: одна за другой в течение десятилетия возникают его самые известные оперы — «Саломея», «Электра», «Кавалер розы», «Ариадна на Наксосе». Завершается этот период последней симфонией — Альпийской (1915). Больше композитор не пишет ни симфоний, ни симфонических поэм.
Все более расширяется его дирижерская деятельность. В январе 1913 года Штраус посещает Петербург, где готовится первая в России постановка его оперы (выбор пал на «Электру»). С его симфонической музыкой русская публика была знакома давно: три поэмы прозвучали еще в апреле 1896 года, когда он впервые гастролировал в Москве, а в Петербурге его начал пропагандировать молодой немецкий дирижер Ф. Рёш. Русские газеты рекомендовали Штрауса как «выдающегося композитора», хотя главный редактор Русской музыкальной газеты не рискнул оценивать его музыку: «У нас Рихарда Штрауса еще не понимают, как не понимаю его и я, так как слишком мало знаю и слышал его произведений, чтобы решиться сказать необдуманное или обдуманное слово». А вот как газета описывала непосредственную реакцию слушателей: «Были исполнены симфоническая поэма „Смерть и просветление“ (аплодировали, шикали, пожимали плечами), „Тиль Эйленшпигель“ (аплодировали и саркастически улыбались) и „Дон Жуан“ (недоумевали, но, ввиду поднесения г. Решу двух венков, аплодировали)». В декабре 1905 года должны были состояться вторые гастроли Штрауса в России, но революция помешала этому.
Выступления Штрауса в Петербурге в 1913 году имели шумный успех, что свидетельствовало, по словам рецензента, о том, что «его искусство стало общедоступным». Однако это относилось лишь к концертам, тогда как в рецензиях на постановку «Электры» преобладали непонимание и возмущение. Руководитель Мариинского театра, знаменитый дирижер Э. Направник демонстративно отказался посетить премьеру. А Глазунов выражал недоумение, зачем вообще надо было ставить оперу Штрауса, если не то что публика, но даже специалисты не понимают ее (на что известный критик В. Каратыгин не без иронии и с известной долей преувеличения отвечал, что «понять „Электру“, в сущности, много легче, чем любую симфонию Глазунова…»). Еще одна задуманная Штраусом поездка в Петербург с целью самому продирижировать оперой в Мариинском театре сорвалась из-за трагических событий: началась первая мировая война. По всей России было запрещено исполнение произведений немецких авторов — представителей вражеской страны.