Химик В. Ф. Лугинин организует в университете впервые (на свои средства) Термохимическую лабораторию, в которой им и его учениками были разработаны оригинальные методы термохимических измерений.
Профессор гигиены Ф. Ф. Эрисман при Гигиеническом институте университета основал Московскую городскую санитарную лабораторию, первую в мире (ныне Научно-исследовательский институт имени Ф. Ф. Эрисмана).
1892.
Открытие в Москве первой Географической выставки, организованной по инициативе профессора университета Д. Н. Анучина. На ее основе в университете был создан Географический музей.1893.
Сотрудник кафедры агрономической химии А. Н. Сэбанин публикует — свои биохимические исследования о зависимости состава зерна от климатических и почвенных условий.Создание в Московском университете первой в Москве марксистской организации для пропаганды и агитации среди рабочих. Руководитель — студент медицинского факультета А. Н. Винокуров.
1894.
2-11 января проходил IX съезд русских естествоиспытателей и врачей в Москве, организованный Московским университетом. На заседаниях подсекции статистики в Актовом зале университета присутствовал В. И. Ленин.На квартире студента А. Н. Винокурова в Б. Овчинниковском переулке, 17/1, происходила встреча В. И. Ленина с членами марксистской группы. Профессор педиатрии Н. Ф. Филатов впервые в России в университетской клинике детских болезней применил противодифтеритную сыворотку.
1895.
Открытие, при университете — Бактериологического института, возглавляемого микробиологом доцентом Г. Н. Габричевским. Приват-доцент университета, физик П. Н. Лебедев доказывает тождественность электромагнитных и световых волн. Профессор химии Н. Д. Зелинский в университетской лаборатории получает первый синтетический нафтен. По инициативе профессора и директора астрономической обсерватории В. К. Цераского начато систематическое фотографирование звездного неба с целью обнаружения и исследования переменных звезд.1897.
Торжественное открытие памятника воспитаннику Московского университета хирургу Н. И. Пирогову в университетском Клиническом городке на Девичьем поле.1898.
Организовано Педагогическое общество при Московском университете. В 1904 году оно явилось центром большевистской пропаганды и агитации.Начало систематического исследования Курской магнитной аномалии профессором физики Московского университета Э. Е. Лейстом.
1900.
Образование при университете Русского библиографического общества. На медицинском факультете открыты клинические курсы для врачей по 5 отделениям.Профессор химии Н. Д. Зелинский разработал метод ароматизации нефти (способ переработки нефти с целью получения так называемых ароматических углеводородов: бензола, нафталина, толуола).
Писатель А. М. Горький избран действительным членом Общества любителей Российской словесности при университете.
1901.
Золотая медаль имени Нобеля, присужденная профессору химии Московского университете В. В. Марковникову за заслуги в развитии нефтяной промышленности, по решению Комитета I Международного нефтяного конгресса естествоиспытателей в Париже. Медаль вручена была ученому на заседании Совета университета.Начало работ минералогического кружка профессора В. И. Вернадского и коллоквиума по физике профессора П. Н. Лебедева, положивших начало созданию научных школ этих ученых.
Открытие при университете Института и Музея сравнительной анатомии. Директором назначен организатор профессор М. А. Мензбир. Открытие нового здания университетской библиотеки на Моховой улице (ныне проспект Маркса, 20).
1901–1909.
Профессор физики П. Н. Лебедев обнаружил и исследовал давление света на твердые тела и газы.1902.
Открытие нового здания университетского Зоологического музея (ул. Герцена, 6). Под руководством профессора Н. Е. Жуковского при кабинете механики университета была сооружена одна из первых в Европе аэродинамическая труба и разработана методика аэродинамических исследований.«Исполнительный комитет объединенных землячеств и организаций университета» опубликовал в «Искре» «Письмо к рабочим» с призывом к рабочим объединиться в совместной борьбе за политическую свободу.
Профессор химии В. В. Марковников сформулировал принцип «химического равновесия», который в обобщенном виде устанавливал зависимость равновесия внутримолекулярного влияния атомов от внешних физических и химических условий.
1903.
Профессор университета С. А. Чаплыгин в своей докторской диссертации «О газовых струях» предложил метод, позволяющий решать задачи скоростной авиации.Профессор физиологии И. М. Сеченов публикует итоговый труд «Элементы мысли».
Открытие Физического института Московского университета, который стал одним из центров разработки важнейших научных проблем.
Открытие при университете первой в России онкологической клиники, руководимой профессором Л. Л. Левшиным.