1 октября 1988 года Владимир Александрович Крючков ушел из разведки на повышение, став председателем КГБ. Вопрос о его преемнике решался долго. Несколько месяцев обязанности руководителя первого главного управления исполнял Вадим Кирпиченко. В иной ситуации он бы и возглавил разведку. Но генералу Кирпиченко уже исполнилось шестьдесят шесть лет. Горбачев же требовал выдвигать молодых.
У Крючкова был очевидный фаворит – еще один заместитель начальника разведки Виктор Грушко. Ему еще не было шестидесяти. Но, видимо, эта кандидатура не прошла. В январе 1989 года Крючков передал Шебаршину свой кабинет и всю советскую разведку. 24 января Леонида Владимировича принял генеральный секретарь Горбачев с кратким напутствием.
В пятьдесят три года Шебаршин вошел в состав высшего руководства комитета госбезопасности и переселился в дачный поселок разведки, что было одной из самых приятных привилегий его нового положения. На работу и с работы он отныне ходил пешком – получасовая прогулка по лесу. Шебаршин оказался во главе огромной разведывательной империи. Численность первого главного управления в те годы, по некоторым данным, составляла почти двенадцать тысяч человек. Каждый год на первый курс краснознаменного института имени Ю. В. Андропова принимали триста человек.
Но с катастрофической быстротой менялась жизнь в стране, и рушились устои работы советской разведки. Горбачев налаживал отношения с Западом, прежде всего с Соединенными Штатами. Он нуждался в помощи разведки, чтобы правильно понимать действия своих новых партнеров и прогнозировать их шаги. Но привычка видеть в американцах врагов мешала такому анализу, а отказаться от такой привычки разведчики не могли, да и не очень хотели. Для большинства из них картина мироздания оставалась прежней. Политика Горбачева поначалу представлялась им тактикой, а потом воспринималась в штыки.