В период формирования нового руководящего органа министр Круглов в своём письме в ЦК ВКП(б) ещё 11 декабря 1951 года просил разрешения, утверждая Богданова членом Коллегии, освободить его от должности начальника УМВД Москвы и Московской области. Однако отправленная бумага затерялась где-то в недрах партийной бюрократической машины, и официального ответа на неё не последовало. Несмотря на это министр решил использовать своего заместителя-начальника по собственному усмотрению. Приказом МВД СССР от 16 января 1952 года замминистра генерал-лейтенант Богданов во главе комиссии, включавшей ещё двух генерал-майоров и двух инженер-полковников, был командирован на длительный срок на строительство Волго-Донского судоходного канала в связи с тем, что там имелось «значительное отставание, особенно в выполнении земляных работ». Комиссии предписывалось немедленно выехать и провести следующие мероприятия: проверить выполнение имевшихся приказов и при необходимости принять меры своей властью. Особое внимание следовало уделить проведению земляных работ и улучшению использования механизмов, а также «организации взрыва на массовый выброс грунта». Богданову предписывалось каждые 5 дней докладывать министру внутренних дел о состоянии работ и принятых мерах.
Волго-Донской судоходный канал, имеющий длину 101 км, был выстроен в основном руками заключённых. Эта новая искусственная водная артерия соединила в одну систему Белое, Балтийское, Каспийское, Азовское и Черное моря. После ввода Волго-Дона в строй Москва стала называться
Возглавлявшаяся Богдановым комиссия обеспечила оперативную разработку технологии и проведение ряда взрывов, которые позволили переместить большие объёмы грунта с русла прокладывавшегося канала. Тем самым удалось ликвидировать имевшееся большое отставание в проведении земляных работ, обеспечить в итоге своевременное завершение строительства и заполнение рукотворного русла водой.
Новому Волго-Донскому судоходному каналу присвоили имя В.И. Ленина. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 сентября 1952 года за успешное выполнение в срок задания правительства по строительству и вводу в эксплуатацию судоходного канала, Цимлянской гидроэлектростанции и первой очереди оросительной системы, а также за образцовое освоение и использование новейшей отечественной техники очень большая группа «рабочих, колхозников, инженерно-технических работников и служащих, особо отличившихся на строительстве», была награждена орденами и медалями. В числе удостоенных ордена Ленина имелись руководящие работники МВД (по алфавиту): Богданов, Круглов, Мамулов, Обручников, Рясной и Серов. В связи с окончанием работ некоторые заключённые были досрочно освобождены и затем даже награждены орденами.
После этого удачного опыта замминистра Богданова направляли в длительные поездки на строительство Куйбышевской и Сталинградской гидроэлектростанций, а также Волго-Балтийского канала.
Видимо, за время пребывания Богданова в командировках он совсем отошёл от московских дел, и министр 2 июня 1952 года вновь написал письмо в ЦК с просьбой освободить фактически не работавшего начальника от занимавшейся им должности в Управлении МВД «в связи с переводом его на работу в центральный аппарат министерства». Административный отдел ЦК отписал, что
В связи с переходом заместителей министра внутренних дел Рясного и Обручникова на аналогичные должности в госбезопасность, уходом на другую работу замминистра За-венягина и смертью замминистра Чернышова, на Богданова в соответствии с распоряжением министра от 26 июня 1952 года в дополнение к