Операцию предписывалось провести в две очереди: сначала арестовать перечисленные выше контингенты, работавшие в органах НКВД, в Красной Армии, на военных заводах, в оборонных цехах, на железнодорожном, водном и воздушном транспорте, в электросиловом хозяйстве всех промышленных предприятий, на газовых и нефтеперегонных заводах. Во вторую очередь подлежали аресту все остальные, работавшие на предприятиях необоронного значения, а также в колхозах, совхозах и учреждениях.
Все арестованные по мере выявления их виновности (без вынесения дел на рассмотрение
В плане дальнейшего развития «Операции прикрытия» 20 сентября 1937 года нарком Ежов подписал оперативный приказ № 00593,
в котором говорилось следующее: «Органами НКВД учтено до 25 000 человек так называемых “харбинцев” (бывшие служащие Китайско-Восточной железной дороги и реэмигранты из Маньчжоу-Го), осевших на железнодорожном транспорте и в промышленности Союза. Учётные агентурно-оперативные материалы показывают, что выехавшие в СССР харбинцы, в подавляющем большинстве, состоят из бывших белых офицеров, полицейских, жандармов, участников различных эмигрантских шпионскофашистских организаций и т. п. В подавляющем большинстве они являются агентурой японской разведки, которая на протяжении ряда лет направляла их в Советский Союз для террористической, диверсионной и шпионской деятельности. Доказательством этого могут служить также и следственные материалы. Например, на железнодорожном транспорте и промышленности за последний год репрессировано за активную террористическую и диверсионно-шпионскую деятельность до 4500 харбинцев. Следствие по их делам вскрывает тщательно подготовленную и планомерно выполняющуюся работу японской разведки по организации на территории Советского Союза диверсионно-шпионских баз из числа харбинцев».Нарком приказал «с 1 октября 1937 года приступить к широкой операции по ликвидации диверсионно-шпионских и террористических кадров харбинцев на транспорте и в промышленности».
Аресту подлежали все харбинцы, «изобличённые и подозреваемые в террористической, диверсионной, шпионской и вредительской деятельности», бывшие белые, реэмигранты, бывшие члены антисоветских политических партий (эсеры, меньшевики и др.), участники троцкистских и правых формирований, участники разных эмигрантских фашистских организаций, лица, служившие в китайской полиции и войсках, работавшие в иностранных фирмах, владельцы и совладельцы различных предприятий в Харбине (рестораны, гостиницы, гаражи и проч.), бывшие контрабандисты, уголовники, торговцы опиумом, морфием, участники контрреволюционных сектантских группировок и др.
Как и в случае с поляками, в первую очередь следовало арестовать всех харбинцев, служивших в НКВД и Красной Армии, работавших на железнодорожном, водном, воздушном транспорте, на военных заводах и т. д. Во вторую очередь приказано было взять под стражу всех остальных лиц, работавших в советских учреждениях, совхозах и колхозах. Харбинцев, не попавших в приведённый выше список, требовалось «независимо от наличия компрометирующих данных
немедленно удалить из железнодорожного, водного и воздушного транспорта, а также из промышленных предприятий, приняв одновременно меры к недопущению впредь на эти объекты».По отработанной схеме все арестованные харбинцы подразделялись на две категории: первая категория