В последующие годы Наполеон все более полагался на Фуше и доверял ему. Он даже присвоил бывшему революционеру титул герцога Отранто и одарил его немалым состоянием. Однако к 1808 году Фуше, всегда улавливавший ветер перемен, почувствовал, что Наполеон уже не на подъеме. Его война против Испании, страны, не представлявшей угрозы для Франции, была признаком потери чувства меры. Фуше, который никогда не оставался на тонущем корабле, вступил с Талейраном в заговор с целью свержения Наполеона. Хотя заговор и потерпел неудачу — Талейран был уволен, — Фуше оставили на посту, но держали на коротком поводке. Он стал первым сигналом растущего недовольства императором, который, казалось, терял власть. К 1814 году была проиграна масштабная война, и власть Наполеона рухнула.
Вслед за этим произошла реставрация монархии, и на престол взошел король Людовик XVIII, брат Людовика XVI. Фуше, всегда державший нос по ветру, чувствовал, что этот король ненадолго — он не выдерживал никакого сравнения с Наполеоном. Фуше снова занял выжидательную позицию, оставаясь в тени. Ждать пришлось недолго — в феврале 1815 года Наполеон бежал с острова Эльба. Людовик был в панике и обратился к человеку, который, как ему казалось, мог помочь ему скрыться, — к Фуше, бывшему радикалу, пославшему его брата, Людовика ХVI, на гильотину, к Фуше, который сейчас был одним из наиболее популярных политиков страны и вызывал восхищение многих. Фуше не встал на сторону проигравшего, он отказал Людовику в его просьбе. Свой отказ он объяснил тем, что в его поддержке не было нужды, — он заверял, что Наполеон ни в коем случае не сможет вернуть себе власть (на самом деле Фуше был уверен в обратном). Вскоре после этого Наполеон с его вновь набранной армией из поддерживавших его французов приближался к Парижу.
Видя, что его правление находится на грани краха, поняв, что Фуше обманул его, и не желая, чтобы этот сильный и коварный человек оказался на стороне Наполеона, король приказал арестовать и казнить министра. 16 марта 1815 года полицейские окружили карету Фуше на парижском бульваре. Что же, наступает конец? Может, и так, но пока он еще не наступил: Фуше заявил полиции, что, как член правительства, он не может быть арестован на улице. Они согласились с этим и позволили ему вернуться домой. Правда, в тот же день они нагрянули в дом и объявили, что он арестован. Фуше кивнул — но не будут ли офицеры столь великодушны, чтобы позволить ему помыться и переодеться, перед тем как покинуть дом? Получив их согласие, Фуше вышел из комнаты. Шли минуты, Фуше не возвращался. Когда полицейские, заподозрив неладное, ворвались в соседнюю комнату, они увидели раскрытое окно, ведущее в сад, и приставленную к нему лестницу.
Два дня полиция прочесывала Париж в поисках Фуше, но на окраинах уже были отчетливо слышны пушки Наполеона, и король со своими приближенными был вынужден в спешке покинуть город. Как только Наполеон вошел в столицу, Фуше объявился. Он снова провел палачей. Наполеон приветствовал своего бывшего министра полиции и с радостью предложил ему прежний пост. Можно сказать, что на протяжении Ста дней, пока Наполеон удерживал власть, вплоть до Ватерлоо, именно Фуше был истинным правителем Франции. После падения Наполеона на трон вернулся Людовик XVIII, и, подобно кошке, у которой, по поверью, девять жизней, Фуше поучаствовал в работе еще одного правительства — к тому времени его могущество и влияние выросли настолько, что даже король не осмелился бы бросить ему вызов.