На сегодня насчитывается почти два десятка версий смерти Литвиненко. Но ни одна из них не может до конца объяснить случившееся. Поначалу главными подозреваемыми были объявлены российские спецслужбы — ведь именно им больше всего мешал бывший полковник. Впрочем, относительно заказчика убийства общего мнения не существует. По одной версии, Литвиненко убили по приказу Путина, по другой — бывшие коллеги ликвидировали его из-за каких-то внутренних разборок. Существует еще одна гипотеза: неугодного полковника казнили ветераны спецслужб, чтобы защитить поруганную честь. Западная пресса отдает предпочтение первой версии. И не случайно: перед смертью Литвиненко написал записку, строки из которой предали гласности многие западные радиостанции. Большинство цитат этого письма не привязано к конкретному лицу: «Вы преуспели в том, чтобы я замолчал, но эта тишина стоит многого. Вы показали себя варварским и безжалостным, именно таким, каким вас изображают ваши критики». Но радиостанция «Эхо Москвы» на своем сайте привела еще одну фразу: «Вам удалось сделать так, чтобы замолчал один человек. Но те протесты, которые теперь начнутся по всему миру, будут отражаться в ваших, господин Путин, ушах до конца ваших дней». Впрочем, записку Литвиненко нельзя считать серьезным доказательством. Если он при жизни обвинял президента России во всех мыслимых и немыслимых преступлениях, то тем более мог это сделать на пороге смерти, искренне считая его виновником всех своих несчастий. А ненависть редко бывает объективна.
В ответ на версию о причастности к полониевому скандалу Кремля в Москве выдвигают встречную гипотезу о том, что Литвиненко был убит людьми Березовского. Эта гипотеза распадается на три потока: Березовский убил Литвиненко, чтобы насолить Кремлю; он ликвидировал полковника как нежелательного свидетеля, и, наконец, смерть Литвиненко должна была показать британским властям, как опасно быть российским политическим эмигрантом.
Остальные версии убийства не менее экзотичны. Среди возможных убийц фигурируют чеченские боевики, мстящие Литвиненко за его участие в войне на Кавказе, российские олигархи, на которых отставной чекист на досуге собирал компромат, русско-грузинские мафиози, которых Литвиненко будто бы сдал испанской полиции, и итальянские политики, связи которых с КГБ якобы разоблачил покойный. Эти версии интересны лишь в том смысле, что показывают ход рассуждений своих авторов и их политические пристрастия.
Впрочем, некоторые журналисты убеждены в том, что никакого убийства не было, а смерть Литвиненко наступила в результате несчастного случая. Это предположение основано на слухах о том, что Литвиненко занимался контрабандой ядерных материалов то ли для чеченцев, то ли для «Аль-Каиды». Подкрепляется оно также сведениями о том, что Березовский когда-то утверждал, что у боевиков в Чечне имеется что-то вроде портативного ядерного заряда. Или другой вариант: террористы собирались изготовить так называемую «грязную бомбу», для чего потребовался полоний. А Литвиненко (опять-таки, по слухам!), принявший незадолго до смерти ислам, вызвался его достать, но по нелепой случайности отравился.
Третья теория — о возможном самоубийстве Литвиненко — и вовсе представляется нереальной. Бывший полковник едва ли располагал миллионами долларов на покупку полония. Да и к чему обрекать себя на долгую и мучительную смерть, если существуют яды мгновенного действия, о которых он наверняка знал?
Скандал, связанный с убийством Литвиненко, не забыт до сих пор, но «новостью № 1» он уже не является. Время от времени в СМИ появляются новые публикации, освещающие подробности этого громкого дела. Так, 22 января 2007 года в британских газетах появилось сообщение о том, что, возможно, Литвиненко пытались отравить и раньше. Британская телекомпания ВВС выдвинула гипотезу, по которой первая попытка отравления Литвиненко была предпринята 16 октября 2006 года — в том же злополучном ресторане «Itsu», где 1 ноября Литвиненко встречался со Скарамеллой. Главный аргумент журналистов заключается в том, что следы полония-210 были обнаружены не в той части бара, где Литвиненко обедал с итальянцем.
Впрочем, следователи из Скотленд-Ярда пришли к выводу, что Скарамелла не виновен в отравлении Литвиненко. Это произошло после того, как в лондонском отеле «Millenium» полиция нашла, чайник, сохранивший следы полония-210. По данным экспертизы, концентрация смертоносного вещества в нем была огромной. Фокус расследования вновь сместился в сторону России: главными подозреваемыми автоматически стали Андрей Луговой и Дмитрий Ковтун. Они категорически отрицают причастность к смерти бывшего сотрудника ФСБ. Британские власти потребовали от генпрокурора РФ выдачи Андрея Лугового, но получили отказ. В России доказательства его вины сочли неубедительными. Более того, на прошедших 2 декабря 2007 года парламентских выборах Луговой был избран в Российскую Думу от партии ЛДПР. Теперь, как народный избранник, он получил депутатскую неприкосновенность.