После этого шквала публикаций массовые демонстрации охватили Иран, Ливан, Пакистан, Иорданию, Египет, Малайзию. Крупнейшие (с момента американской военной операции в Ираке) акции протеста прошли также в Бангладеш, Судане, Иордании, Индонезии. В ряде стран они вскоре переросли в серьезные столкновения. В Дамаске демонстранты сожгли сначала посольство Дании, а затем здание норвежской дипломатической миссии. Чтобы разогнать митингующих, полиция была вынуждена применить слезоточивый газ. По данным полиции, в акции приняли участие тысячи сирийцев. В результате столкновений пострадали по меньшей мере 11 человек. В Бейруте была сожжена датская дипломатическая миссия. Полицейские попытались восстановить порядок мирным путем, но в конце концов были вынуждены применить силу. В результате как минимум один человек погиб, 30 получили ранения, а около 200 демонстрантов были задержаны. В Михтарламе (Афганистан) также не удалось избежать кровопролития. После того как из толпы демонстрантов в полицейских полетели ножи и раздались выстрелы, полицейские перешли в наступление. Во время разгона демонстрации один из нападавших погиб, двое были серьезно ранены. А всего в результате стычек с полицией пострадало 16 афганцев. В индийском городе Сринагар (Кашмир), где проживают преимущественно мусульмане, день проведения акции протеста был объявлен выходным. В марше протеста приняли участие более 100 юристов. Участники демонстрации скандировали: «Смерть Дании!», сожгли красную тряпку, символизировавшую датский флаг, однако в итоге эта акция оказалась достаточно мирной — как и демонстрация перед датским посольством в Таиланде… Акции протеста затронули и Интернет: было взломано около 2500 сайтов, большая часть из которых принадлежала датчанам. Разумеется, наиболее активную роль в беспорядках играли представители радикальных исламских организаций. Скажем, движение «Талибан» предложило за голову автора карикатур на Мухаммеда 100 кг золота; жизнь военнослужащих Дании, Германии и Норвегии оно оценило в 20 раз дешевле. Постепенно возмущение правительством Дании и ее прессой переросло в открытое обвинение всего Европейского сообщества, и некоторые СМИ заговорили о возможности объявления войны на религиозной почве.
В конце концов Европейский союз принес исламскому миру официальные извинения за публикацию карикатур на пророка Мухаммеда. В заявлении министров иностранных дел 25 стран ЕС было выражено несколько запоздалое сожаление, что карикатуры оскорбили религиозные чувства мусульман. Но в то же время министры подчеркнули неприемлемость актов насилия и угроз в адрес европейцев и европейских стран. Как исламские, так и христианские религиозные деятели с самого начала скандала стремились смягчить противостояние между верующими обеих сторон. Так, Ватикан открыто осудил публикацию карикатур на пророка Мухаммеда. В официальном заявлении говорилось: «Свобода мышления и выражения, подтверждаемая Декларацией о правах человека, не может включать право оскорблять религиозные чувства верующих. Этот принцип применим к любой религии». Властитель умов европейских исламистов Тарик Рамадан, в свою очередь, выступил с заявлением, что в «карикатурном скандале» нет никакой идеологической подоплеки. Муфтий Сирии шейх Ахмед Бадреддин Хассун выразил сожаление в связи с погромами и рассказал о результатах переговоров с датскими газетчиками: «Дания уже представила официальные извинения, и мы приняли эти извинения и договорились, что в датских газетах будут опубликованы статьи мусульман Дании, рассказывающие о Пророке». Но целый ряд чиновников как будто не осознавал серьезности момента. Пожалуй, наиболее циничным было поведение итальянского министра Джанфранко Фини (после скандала вынужденного подать в отставку): он демонстративно надел футболку с нарисованными на ней скандальными карикатурами. Впрочем, Фини был не единственным, кто лишился своего поста из-за недальновидного и некорректного поведения. В первую очередь, конечно, были смещены с должностей редакторы многих изданий, перепечатавших карикатуры: ответственный редактор газеты «France-Soir» Жак Лефран, главный редактор иорданской газеты «Аль-Шихан» Джихад Момани (он, кроме того, был арестован), была отобрана лицензия у йеменской англоязычной газеты «Yemen Observer», а ее редактору предъявили обвинение в оскорблении пророка и ислама в целом. Зачинщик скандала — «Jyllands-Posten» — была окончательно оправдана датским судом в мае 2006 года. Только подписи к рисункам были признаны непочтительными и насмешливыми, а сами шаржи суд оскорбительными не посчитал.