Тринадцатого дня четвертого месяца сезона «перет» состоялась церемония основания города, на которую Эхнатон прибыл, подобно солнечному богу, на золотой колеснице. Он совершил жертвоприношение Атону из пива, хлеба, мяса длиннорогих и короткорогих быков, птицы, вина, фруктов, благовоний, воды и овощей. Затем Эхнатон обратился с речью к придворным и государственным чиновникам, которые простерлись ниц и целовали землю перед царем. Фараон заявил, что сооружает памятник для своего отца Атона, ибо услышал его голос. Именно Атон открыл ему, что это место навсегда останется «Страной света солнечного диска». Царь говорил: «Смотрите, сам Атон возжелал, чтобы для него построили этот город и тем прославили его имя. Этим городом управляет Атон, мой отец, а не какой-нибудь чиновник».
Царь действовал достаточно сурово и решительно. Поклонение старым богам было запрещено. С девятого года правления началось энергичное уничтожение имени Амона на культовых предметах и сооружениях. Ненавистное имя было стерто со всех изваяний, даже когда оно составляло часть имени отца Эхнатона. В некоторых случаях уничтожалось даже слово
В своих реформах фараон опирался прежде всего на «новых людей», большая часть которых была незнатного происхождения. Вероятно, его поддерживала и армия, а также отдельные представители старой знати, неудовлетворенные своим положением при прежнем правлении. Это, однако, не помешало им всем после смерти фараона быстро отойти от его учения и вернуться к старым религиозным обычаям.
Все свои усилия Эхнатон сосредоточил на религиозных реформах. Однако авторитет фараона неудержимо падал, тем более что отсутствие должного внимание к проблемам внешней политики, касавшимся, в основном, азиатских владений Египта, привело к их частичной потере. Египтяне еще помнили о захватнических войнах, которые активно вели Тутмос IV и Аменхотеп III, и гордились их победами. В это же время на север от Египта образовалось крупное хеттское государство. Напрасно правители вассальных государств молили Эхнатона о помощи против хеттов. Царь оставался глух к этим просьбам, что не прибавило ему популярности во всех слоях египетского общества.
Фараон Эхнатон скончался в своей столице около 1400 года до н. э. Существует предположение, что он был отравлен. Во всяком случае, на одной из фресок изображено покушение на фараона. Однако убийство осталось не доказанным.
Смерть Эхнатона развязала руки его противникам, и страна возвратилась к прежним порядкам. И это понятно, ведь вековые традиции не могли исчезнуть за столь короткий промежуток времени, а реформы царя не принесли существенных изменений к лучшему. Неудивительно, что в декрете одного из наследников Эхнатона, Тутанхамона, бывшего еще недавно Тутанхатоном (ок. 1400–1392 до н. э.), явственно подчеркивалось, что культ Атона навлек на страну бедствия, а открытие храмов старых богов умилостивило их и вернуло Египту благоденствие. Годы правления Эхнатона и его трех преемников, связанных с культом Атона, в официальных летописях стали приписываться к годам правления фараона Хоремхеба. А если необходимость требовала упоминания имени реформатора, его именовали «врагом из Ахетатона».
Период, последовавший за смертью фараона-реформатора, содержит множество загадок. Известно, что преемника Эхнатона, который сохранил все так, как было при фараоне-реформаторе, звали Смнехкара (древнеегипетское — «Приносит благодеяния душа Ра»). Однако по поводу того, кем был этот фараон, ведутся нескончаемые споры. Некоторые исследователи утверждают, что так стали называть Нефертити. Другие же, очевидно с большим на то основанием, считают его сыном фараона Аменхотепа III от одной из второстепенных жен. Наиболее правдоподобной представляется гипотеза, что Смнехкара — это сын Эхнатона от его второй жены Кии либо брат Тутанхамона. А известный исследователь этого периода египетской истории М. Э. Матье называет его мужем старшей дочери Эхнатона, Меритатон, что вполне возможно, учитывая принятые у фараонов кровосмесительные браки. Тогда трон, по египетским понятиям, он занял на совершенно законных основаниях.
Предполагают, что Смнехкара прожил совсем недолго и царствовал не более трех лет. Сведения о смерти фараона и смерти его жены Меритатон отсутствуют, а потому они просто исчезли из поля зрения историков из-за отсутствия каких-либо данных. Далее власть перешла к юному Тутанхамону, мужу одной из дочерей Эхнатона, Анхесенпаатон. Он тоже умер совсем молодым, в восемнадцатилетнем возрасте, возможно, не своей смертью. Возврат к старым культам не спас его от ненависти жрецов или царедворцев. Однако все это не подтверждено какими-либо достоверными свидетельствами. Тутанхамону наследовал Ай.