Сразу же после вступления в должность Столыпин заявляет о своем намерении дать дорогу различным либеральным реформам. Репрессии же он, по его собственным словам, считает только временными мерами, необходимыми для наведения в государстве порядка. И действительно, создавая новый кабинет министров, Столыпин приглашал туда многих государственных и общественных деятелей, придерживающихся умеренно-либеральных взглядов. Премьер-министр хотел таким образом получить возможность управлять оппозиционными силами. Но его переговоры с либералами закончились неудачей. По словам Столыпина, они предъявляли невозможные требования. Либералы же утверждали, что отказываются от предложения председателя Совета министров потому, что, войдя в кабинет министров, им пришлось бы придерживаться не собственных взглядов, а политической линии Столыпина, с которой они далеко не во всем были согласны.
Таким образом, в кабинете министров практически не произошло перестановок. В дальнейшем его так и называли: «кабинет разгона Думы».
12 августа 1906 года было произведено первое покушение на Столыпина. Этот террористический акт стал ответом на роспуск Государственной думы. Его организаторами был Союз социалистов-революционеров-максималистов — организация, отколовшаяся в 1906 году от эсеров. Дача Столыпина на Аптекарском острове была забросана бомбами. В результате этого покушения сам Столыпин остался невредим. Но на даче в этот момент находилось большое количество людей. 27 из них были убиты, более 30-ти, в том числе сын и дочь Петра Аркадиевича, получили ранения.
Интересно, что «традиционные» эсеры, в тот момент тоже готовившие покушение на Столыпина, выпустили прокламацию, в которой отмежевались от деятельности максималистов. Прокламация была составлена провокатором Азефом, который, скорее всего, спешил таким образом заверить свое полицейское начальство в личной непричастности к теракту. Но действия максималистов осуждал также и Михаил Гоц, член центрального комитета партии эсеров и один из основных ее идеологов. Он говорил, что, поскольку во время покушения пострадало большое число людей, не имевших к деятельности правительства никакого отношения, это может резко снизить популярность эсеров в либеральных кругах. Кроме того, Гоц считал, что само покушение было организовано плохо. На даче Столыпина часто проходили заседания Совета министров. Если бы взрывы прогремели в один из таких дней, от них было бы гораздо больше «пользы».
В правительственном сообщении от 26 августа объяснялись причины роспуска Государственной думы и намечалась будущая политика нового председателя Совета министров. Также был опубликован закон о военно-полевых судах.
Многие, скорее всего небезосновательно, считали создание последних ответом правительства на покушение 12 августа. Позднее на неоднократные требования Государственной думы отменить военно-полевые суды Столыпин отвечал:
«Умейте отличать кровь на руках врача от крови на руках палача».
Перед выборами Второй Государственной думы под различными предлогами избирательных прав были лишены значительные массы рабочих и крестьян. Печать, митинги и собрания избирателей, прочие предвыборные мероприятия подвергались тщательному контролю со стороны правительства Столыпина. Более того, власти пошли дальше и объявили вне закона целый ряд партий, включая, в общем-то, относительно лояльные, например партию кадетов и партию демократических реформ. Результаты выборов были частично подтасованы. Но, тем не менее, большинство опять составили либерально настроенные и «левые» силы: 104 «трудовика», 98 кадетов, 65 социал-демократов, 37 эсеров. Основным предметом обсуждения Второй Государственной думы, как, собственно, и Первой, стал аграрный вопрос. Кадеты выступали за отчуждение помещичьих земель, правда, опасаясь роспуска Думы, делали это не так активно, как в прошлый раз. Социал-демократы настаивали на национализации земли.
В конце мая — начале июня 1907 года произошли события, позже получившие название «Третьеиюньского переворота». Деятельность Второй Государственной думы и те решения, которые она могла принять по аграрному вопросу не устраивали правительство Столыпина. В конце весны по инициативе председателя Совета министров было сфабриковано обвинение социал-демократической фракции в подготовке военного заговора. 1 июня Столыпин потребовал от Думы санкции на арест социал-демократов. Николай II, не дожидаясь ответа Думы, выпустил третьего июня указ о ее роспуске. Тем самым он нарушил манифест от 17 октября 1905 года, согласно тексту которого вопрос о роспуске Думы требует согласования с ней. Именно поэтому события 3 июня называют государственным переворотом. Роспуск Думы не вызвал серьезных волнений в обществе, уставшем за два с половиной года от революции. Третьеиюньский переворот считают окончанием революции 1905–1907 года.