Версия о причастности мафии к устранению Кеннеди выглядит достаточно обоснованной. Семейство Кеннеди, как было установлено, имело тесные связи с мафией еще со времен «сухого закона». Так, отец президента, Джозеф Кеннеди, сделал себе состояние на нелегальной торговле спиртными напитками. Также старший Кеннеди частенько играл в гольф с мафиозными авторитетами, а сам будущий президент проводил отпуск в их компании. Однако самыми прочными были отношения Кеннеди с Сальваторе Джанканой, главой мафиозного клана, контролировавшего огромную территорию на юго-западе США и в Латинской Америке. Одна из бывших любовниц Кеннеди, Джудит Экстер, которая также была знакома и с Джанканой, утверждала, что однажды Кеннеди попросил ее передать для Сальваторе пакет с деньгами. По словам Экстер, эти деньги должны были пойти на предвыборную агитацию в штате Западная Вирджиния, а попросту говоря, на подкуп избирателей.
Но несмотря на столь тесную связь президента с мафиозными лидерами, у них все же была причина устранить Кеннеди. Перед выборами тот якобы пообещал Джанкане вернуть в страну высланного из нее ранее мафиозного главаря Джо Адониса. Однако это обещание так и не было сдержано, более того, назначенный министром юстиции брат президента Роберт Кеннеди объявил мафии настоящую войну. К началу 1962 года все отношения между Кеннеди и Джанканой были разорваны.
В заговоре против Кеннеди мог участвовать как сам Джанкана, так и «обиженный» президентом Джо Адонис, а также главарь мафии во Флориде Сантос Траффиканте. Напомним, что с мафией был связан и «мститель» Джек Руби, убивший Освальда.
Также достаточно серьезными выглядят подозрения, направленные в сторону вице-президента Линдона Джонсона, ставшего президентом после убийства Кеннеди и переизбранного в 1964 году. Ни для кого не было секретом, что Линдон Джонсон был фактически навязан Кеннеди в качестве вице-президента влиятельными лидерами демократической партии, которые опасались сверхпопулярного и молодого президента. В этом им очень помог директор ФБР Гувер, у которого к тому времени был накоплен обширный компромат на Кеннеди, в первую очередь, связанный с его любовными похождениями. Среди его многочисленных любовниц было немало женщин с весьма сомнительным прошлым, в том числе и связанных с военными преступниками. Огласка подобной информации могла иметь весьма плачевные для Кеннеди последствия на президентских выборах, поэтому он вынужден был согласиться на «соглядатая» в лице Линдона Джонсона.
Сам же Джонсон был весьма властолюбивой натурой. Его раздражала громадная популярность молодого президента. Не было сомнений, что его выдвинут кандидатом от демократической партии на следующих выборах. Ждать и терпеть еще один срок президентства Кеннеди Джонсон, который был значительно старше, не мог и не хотел. Вполне вероятно, что Джонсон вместе с Гувером, который также не испытывал большой симпатии по отношению к Кеннеди, и организовали в конце концов заговор против президента.
Именно ФБР, руководимая Гувером, была причастна к многочисленным искажениям фактов и улик при расследовании убийства. Все факты и доказательства, противоречившие версии об убийце-одиночке, подвергались сомнению, опровергались или же прямо игнорировались при проведении официального расследования.
Наряду с ФБР, другая американская спецслужба, ЦРУ, также подозревается многими в причастности к «преступлению века». Одним из подтверждений этого стала пресс-конференция, проведенная в Далласе в 1990-м году 29-летним Рики Уайтом. Он заявил, что его отец, Роскоу Уайт, был одним из трех участников того самого покушения. И более того, именно Уайт произвел смертельный выстрел. По словам Рики, его отец в сентябре 1963 года в соответствии с полученными от ЦРУ инструкциями поступил на службу в полицию Далласа. 22 ноября Уайт занял отведенную ему позицию на вершине поросшего травой холма, откуда хорошо просматривались площадь и президентский кортеж. Два других участника покушения, в том числе и Освальд, располагались в других зданиях с окнами, выходящими на площадь. Смертельный выстрел произвел Уайт, а Освальд якобы вообще не стрелял. Затем якобы Уайт вместе с полицейским Типпитом принимали участие в задержании Освальда, и именно Уайт, а не Освальд, и застрелил Типпита.
Рики Уайт также заявил, что гибель его отца в 1971 году во время пожара не была случайной. По его словам, у него хранились дневники отца с деталями операции по устранению Кеннеди, которые в 1988 году бесследно исчезли. Также Уайт предъявил журналистам винтовку с оптическим прицелом, из которой якобы был застрелен Кеннеди, а также документы, свидетельствующие о том, что его отец служил в армии вместе с Освальдом.