В полдень 25 июня Михаил Дмитриевич находился в ресторане «Эрмитаж». Он одиноко сидел за столом в полной задумчивости, ни с кем не общался. К вечеру одиночество стало невыносимым. Поэтому Михаил Дмитриевич направился в Столешников переулок, где находилась ресторация «Англия». Он надеялся, что веселое застолье и хороший ужин в приятной компании развеселят его, отвлекут от мрачных мыслей. Пир был в самом разгаре, когда из соседнего кабинета вышел мужчина и предложил выпить бокал шампанского. Михаил Дмитриевич не отказался, потому что услышал, как из кабинета доносились здравицы в его честь. Хандра не проходила. Даже очарование известной всей Москве кокотки Ванды (настоящее имя Шарлотта Альтенроз) не смогло его развеселить. Эта женщина имела в своем распоряжении шикарный номер на нижнем этаже «Англии». Именно туда удалился Скобелев вечером. Через некоторое время из номера послышался страшный крик, а еще через несколько минут к дворнику прибежала испуганная и заплаканная Ванда. Она с трудом смогла выдавить из себя слова: «У меня в номере умер офицер». Дворник тотчас послал за полицией. Конечно же, известного всей России генерала сразу же опознали. Его тело было перевезено в гостиницу «Дюссо». Полиция опровергла версию об участии или соучастии Ванды в смерти Скобелева. Но за ней навсегда закрепилось прозвище Могила Скобелева.
Смерть Скобелева потрясла всю Москву. Даже Александр III направил его сестре Надежде Дмитриевне письмо со словами: «Страшно поражен и огорчен внезапной смертью вашего брата. Потеря для русской армии труднозаменимая и, конечно, всеми истинно военными сильно оплакиваемая. Грустно, очень грустно терять столь полезных и преданных своему делу деятелей».
Через некоторое время были оглашены результаты вскрытия тела Скобелева, которое производил прозектор Московского университета Нейдинг. Он констатировал смерть от паралича сердца и легких. В связи с этим Андрей Шолохов писал в своей статье: «Никогда раньше Скобелев не жаловался на сердце». Хотя его врач О. Ф. Гейфейдер во время туркестанского похода находил признаки сердечной недостаточности, отмечая в то же время совершенно необыкновенную выносливость и энергию генерала.
Причина смерти Скобелева так и осталась невыясненной. Позднее она обросла огромным количеством версий, легенд, домыслов и даже абсурдными идеями о самоубийстве.
Существуют две основные версии насильственной и ненасильственной смерти. Версий ненасильственной смерти ходило несколько, но наиболее правдоподобными из них являются две. Первая версия была официальная: смерть наступила от паралича легких и сердца. А вторая заключалась в том, что Скобелев скончался в результате кровотечения от разорвавшегося венозного расширения в паху, которым издавна страдал.
Версий о том, что Белый Генерал был убит, существовало множество. Три из них кажутся наиболее правдоподобными и наиболее известными. Первая версия свидетельствует о том, что Михаил Дмитриевич был убит из-за происков врагов России — немцев. Это предположение косвенно подтверждало то, что генерал умер в номере немки — Ванды. Многие представители официальных кругов не только поддерживали эту версию, но и считали ее единственно правильной. Князь Н. Мещерский в 1887 году писал Победоносцеву: «Со дня на день Германия могла наброситься на Францию, раздавить ее, но вдруг, благодаря смелому шагу Скобелева, сказалась впервые общность интересов Франции и России, неожиданно для всех и к ужасу для Бисмарка. Ни Россия, ни Франция не были уже изолированы, Скобелев пал жертвой своих убеждений, и русские люди в этом не сомневаются». По слухам, германским агентам удалось выкрасть план войны, который разработал Михаил Дмитриевич. Насколько это правда, в то время не знал никто. Немецкая пресса тогда ликовала: «Ну, и этот теперь нам не опасен — генерала Скобелева нет более в живых. что касается нас, немцев, то мы честно в этом сознаемся, мы довольны тем, что смерть похитила рьяного врага.»