У Помпея начались политические неприятности. Сенат устроил Лукуллу торжественный прием в Риме и стал побуждать полководца, оскорбленного Помпеем, к политической деятельности. Таким образом сенаторы собирались ограничить влияние Помпея. После возвращения Помпея в Рим Лукулл стал отстаивать правильность своих указов в Азии, отмененных Помпеем, и сенат во всем признал его правоту. Не имея поддержки в сенате, Помпей был вынужден искать сторонников среди народных трибунов и очень быстро попал в зависимость от некоего Клодия, который стал активно пользоваться популярностью Помпея в своих целях, а затем предал его.
В это время в политическую жизнь Рима активно вмешался Гай Юлий Цезарь. Он смог примирить старинных противников — Помпея и Красса — и заключил с ними в 6о году до н. э. тайный союз, триумвират. Для укрепления союза Помпей женился на дочери Цезаря — Юлии. Деньги Красса, влияние, которое оказывал на армию Помпей, и расположение простолюдинов, которое уже успел завоевать щедрыми подачками Цезарь, — все это вместе было политической силой, противостоять которой было практически невозможно. Согласно замыслам триумвиров, Цезарь был избран консулом на 59 год до н. э.
Став консулом, он тотчас же предложил законопроект об основании колоний и раздаче земель, призванный улучшить положение «бедняков и неимущих». «Бедняками и неимущими» в основном почему-то оказались 20 тысяч ветеранов Помпея. Против этого законопроекта выступил второй консул 59 года — Бибул, но Помпей выступил в защиту законопроекта и даже пообещал защищать его с мечом в руках. Через некоторое время воины Помпея напали на Бибула, когда тот спускался на форум вместе с Лукуллом и Катоном. Катон — человек, всегда стоящий на стороне закона, пытался оказать хоть какое-то сопротивление триумвирату. В результате нападения было ранено двое народных трибунов, а запуганный Бибул на восемь месяцев заперся у себя в доме и не появлялся для выполнения своих обязанностей консула.
После этого Цезарь и Помпей уже без помех провели законопроект, вызвавший, надо заметить, одобрение народа. Воспользовавшись этим, Цезарь смог, что называется «под шумок», добиться принятия еще нескольких, более сомнительных, решений. Так, например, были утверждены спорные распоряжения, сделанные Помпеем в Азии, когда тот пришел на смену Лукуллу. По окончании консульства Цезарь получил в управление на пять лет провинцию Галлию. Консулами на следующий год были избраны Пизон, тесть Цезаря, и Габиний, ставленник Помпея.
Цезарь, уезжая в свою провинцию, позаботился о том, чтобы Помпей не стал единоличным властителем Рима. Он поручил Клодию всячески мешать Помпею. Клодий с азартом взялся за дело. Он затеял несколько судебных процессов против сторонников Помпея. Когда же тот пожелал лично выступить на одном из процессов, подкупленная Клодием толпа не дала Помпею говорить, крича и обвиняя его в тирании.
Дело дошло до вооруженных столкновений. Одного из рабов Клодия поймали, когда тот пытался подобраться к Помпею с мечом в руках. На улицах города то и дело происходили стычки между сторонниками Клодия и солдатами Помпея. Помпей смог добиться возвращения в Рим изгнанного Клодием Цицерона. Цицерону удалось примирить Помпея с сенатом. Сенат принял решение поручить Помпею снабжение хлебом Рима, страдавшего от недостатка продовольствия. Помпей блестяще справился с этой задачей, спас город от голода и снова сделался популярной фигурой в глазах римлян.
Тем временем Цезарь обогатился во время войн в Галлии. Большую часть военной добычи он отсылал в Рим для раздачи народу и подкупа политических деятелей. Он сумел, оставаясь за пределами Италии, незримо противостоять Помпею в политических играх.
В 56 году Цезарь пригласил Помпея и Красса в Луку (город в северной Италии), где стояли на зимовке его войска. Между триумвирами было заключено новое соглашение. Согласно ему, Помпей и Красе должны были добиваться консульства. Цезарь обещал послать в Рим большой отряд солдат для голосования. После этого Цезарь должен был получить в свое распоряжение Галлию еще на пять лет, чтобы завершить войну. Во время предвыборной борьбы произошел неприятный инцидент. Все претенденты, кроме некоего Луция Домиция, отказались от попыток составить триумвирам конкуренцию на выборах. На стороне Домиция выступил Катон, видя, что приход к власти триумвиров приведет к тирании.
Боясь, что Катон сможет настроить против них сенат и часть народа, Помпей подослал вооруженных людей, которые напали на свиту Домиция. В стычке получил ранение и сам Катон.