По мере численного роста ордена иллюминатов возникли и усилились трения не только между низами и верхами иерархии, но и в самом ареопаге. Орден сотрясали многочисленные скандалы, вызванные адюльтерами, воровством и обманом среди иллюминатов. В первую очередь явно расходился с Вейсгауптом барон фон Книгге, мнение которого имело авторитет как среди иллюминатов, так и среди масонов. Он стремился не ускорять крушение идеи «строгого послушания» в обществе масонов, выказывал симпатию к оккультным и мистическим элементам в их воззрениях. В 1784 года произошел разрыв и фон Книгге вышел из ордена иллюминатов. В это время в самой Баварии информация о деятельности иллюминатов обрастала нелепыми слухами, а когда один из членов ордена донес о них властям, баварский курфюрст Карл Теодор издал указ о роспуске обществ, не разрешенных правительством как вызывающих подозрения и опасения. Очередной указ от марта 1785 года строжайше запретил деятельность ордена иллюминатов на территории Баварии. Вейсгаупт, Книгге и другие иллюминаты пытались в печати защитить репутацию ордена, но их противники создали десятки обличительных памфлетов. Появившаяся стараниями врагов легенда о «заговоре иллюминатов» в какой-то мере привела в ряде стран к упадку влияния не только иллюминатов, но и масонства. В Баварии же с 1787 года начался настоящий «крестовый поход» не только против иллюминатов, но и против всех сочувствующих идеям Просвещения. Иллюминатов подвергли гонениям вплоть до тюремного заключения, независимо от звания и должностей. Вербовка в орден была объявлена преступлением, наказуемым отсечением головы. Но сам Вейсгаупт уцелел и даже стал надворным советником герцога Саксен-Готского.
Утверждение, что орден иллюминатов существовал или был восстановлен после 1785 года, не подтверждается никакими доказательствами. Время от времени о таинственных иллюминатах рассказывалось в художественной литературе, например в фантастических повестях А. В. Чаянова «Необычайные приключения графа Бутурлина» (1924 г.) и «Юлия, или Встречи под Новодевичьим» (1928 г.), где иллюминаты показаны как действовавший в царской России тайный орден. Интерес к этому тайному обществу существенно возрос в 1970-е годы после выхода в свет знаменитой трилогии Роберта Ши и Роберта-Антона Уилсона «Illuminatus!», а также дополнения к ней, в частности «Маски иллюминатов». Внимание к теме было привлечено, создав благодатную почву для бестселлера «Ангелы и демоны» Дэна Брауна (переведен на русский язык в 2005 г.). То, что американский писатель и журналист умеет виртуозно смешивать факты с вымыслом, никого не смущало. Средства массовой информации моментально заполонили многочисленные версии о деятельности иллюминатов, ушедших на две сотни лет в подполье. Существование зловещей организации заговорщиков, создающих новый мировой порядок потрясало воображение. Появилось несколько компьютерных игр (Deus Ex, Area 51, Resident Evil 4) и художественных фильмов, в которых организация иллюминатов играет ключевую роль. В 2004 году был выпущен фильм «Правда об ангелах и демонах», проливающий свет на скрытую деятельность тайных организаций: ордена тамплиеров, общества приорат Сиона и особенно иллюминатов. В нем рассказано о современных иллюминатах, в число которых якобы входят влиятельные мировые лидеры, люди, занимающие самые высокие посты в правительственных, религиозных, научных, военных и финансовых кругах. Особенно сенсационно звучит теория о присутствии немалого числа иллюминатов в российских спецслужбах.
Впрочем, до сих пор не существует и убедительных доказательств, что 200 лет назад орден действительно окончательно распался. Исследователи ссылаются на несколько уже призабытых источников. Так, в 1797 году священник Огюстен де Барюэль издал книгу «Мемуары к истории якобинства», описывающую глобальный заговор с участием множества тайных групп, координировавшихся иллюминатами, результатом чего стала Французская революция. В числе замешанных обществ были названы розенкрейцеры, тамплиеры и якобинцы. Почти одновременно вышла в свет работа бывшего шотландского масона и профессора натурфилософии Эдинбургского университета Джона Робинсона «Доказательства тайного заговора против всех религий и правительств Европы». Ее автор обосновывал существование заговора иллюминатов, целью которого была замена всех религий гуманизмом и создание единого мирового правительства. Из этого многие делают вывод, что «оригинальные иллюминаты» породили разнообразные движения, такие как анархизм, карбонарии, марксизм, социализм, лейборизм, демократическое движение и другие организации и ордена.