Среди завсегдатаев графа был кардинал де Роган, желавший получить бессмертие. Он безоговорочно поверил в могущество мага, после того как Калиостро вылечил близкого родственника кардинала – принца Субиза. Роган советовался с итальянцем по самым разным вопросам, и именно поэтому Калиостро стал чуть ли не главным подозреваемым в одной из самых запутанных детективных загадок прошлого – знаменитом «деле об ожерелье королевы». Суть дела сводилась к следующему: у французских ювелиров Бемера и Бассанта после смерти Людовика XV осталось на руках великолепное бриллиантовое ожерелье, стоимостью два миллиона ливров и состоящее из 629 бриллиантов чистой воды. Ожерелье предназначалось для фаворитки короля, графини Дюбарри, но так и не было выкупленного у ювелиров, которые надеялись, что новая королева Мария Антуанетта приобретет его. Графиня Ламотт-Валуа согласилась, по просьбе ювелиров, переговорить с Марией Антуанеттой. Все обстоятельства дела выяснить не удалось, но доподлинно известно, что от имени королевы ожерелье купил кардинал Луи де Роган, заплатив часть денег наличными, а на остальную сумму выдал заемные письма. И вот, когда наступил первый срок платежа, выяснилось, что подпись королевы – поддельная и все это дело, в котором было замешано много лиц, в том числе и советник де Рогана Алессандро Калиостро, не более чем мошенничество. Но кто задумал эту аферу? 21 августа 1785 года граф был арестован и заключен в Бастилию. На суде его защищали опытные адвокаты. Его алиби стал тот факт, что передача ожерелья произошла за день до приезда Калиостро в Париж. Обвинители, пытавшиеся доказать, что граф мог управлять аферой на расстоянии, потерпели фиаско. Жестокому наказанию подверглись непосредственные участники аферы – графиня де Ламотт, которая утверждала, что весь замысел принадлежит Калиостро, и кардинал де Роган.
За недостатком улик Калиостро был оправдан, однако Людовик XVI приказал ему покинуть Париж в 24 часа и чтобы через две недели его духу не было во Франции. Итальянец уехал в Англию и оттуда обратился к французскому народу с письмом, в котором проклинал правящую чету, предсказывал скорую революцию и утверждал, что от Бастилии останутся лишь камни. В 1789 году его предсказания начали сбываться: Бастилия была разрушена во время Великой Французской революции, а чуть позже король и Мария Антуанетта обезглавлены.
Какое-то время граф жил в Пассии, где вновь развернул активную масонскую деятельность. Однако напряженная жизнь утомила даже его, да и Лоренца часто жаловалась на усталость и мечтала вернуться в Рим. У Калиостро уже было солидное состояние, и он мог позволить себе спокойно дожить свой век в уединении и тиши. В 1789 году Калиостро поселился, можно сказать, под боком у инквизиции. Поначалу граф занимался врачеванием и оккультными науками, но позже заскучал и предпринял очередную попытку создать тайную масонскую ложу египетского обряда. В то же время он не прекращал следить за событиями в революционной Франции. Калиостро регулярно переписывался с «Обществом друзей конституции» и в одном из посланий обратился к Национальному собранию с просьбой разрешить ему приехать в революционный Париж. Получить ответ Калиостро не успел: 27 декабря 1789 года он был арестован и передан в руки инквизиции. Его допрашивали с пристрастием по 43 пунктам обвинения с 5 января по 12 ноября 1790 года. Лоренца также была арестована и обвинялась по 7 пунктам. Говорили, что Лоренца оказала следствию большую помощь, дав показания против мужа. Закрытый процесс длился до 4 апреля 1791 года. О нем известно лишь то, что Калиостро неистово защищался, пытаясь опровергнуть обвинения церковников. Но если ему и посчастливилось доказать, что лечил он вполне квалифицированно, то политические обвинения и обвинение в ереси опровергнуть было невозможно. А Ватикан был страшно напуган событиями во Франции.
До настоящего времени все документы по делу Калиостро – протоколы допросов, свидетельские показания – являются тайной и хранятся в подземных архивах Ватикана. Только в одном из французских изданий был помещен приговор трибунала святой инквизиции, вынесенный 21 апреля 1791 года: «Джузеппе Бальзамо, уличенный во многих совершенных им правонарушениях, предстал перед судом Святой церкви и Богом. Он приговаривается к мерам наказания, которым подвергают еретиков, догматиков, главарей еретиков, учителей и учеников черной магии, основанной на суевериях… Однако в порядке особой милости мера наказания, предусматривающая передачу в светские руки (палачу), смягчается и заменяется пожизненным заключением в крепости, где осужденный будет находиться под строгой охраной, без надежды на помилование». Оказывается, Калиостро был опасен для церкви в первую очередь как мятежник и еретик, а уж потом как «учитель черной магии».