Не раз говорили и о причастности к этому громкому делу пресловутой «руки Москвы». Утверждали, что Ли Харви Освальд якобы прошел обучение в Комитете государственной безопасности СССР, который и заказал ему убийство Джона Фитцджеральда Кеннеди. Известно, что в период своего проживания в Белоруссии Ли Харви Освальд действительно находился под плотным присмотром КГБ. Однако серьезных подозрений в том, что он был профессионально связан с Комитетом госбезопасности СССР, нет. После внимательного изучения образа жизни и поведения американца, в КГБ пришли к выводу, что использовать его в качестве агента, который бы работал на советскую разведку в США, нецелесообразно. Известно, что документы, касающиеся Ли Харви Освальда, которым занималась внутренняя служба Комитета госбезопасности СССР, вскоре после убийства Джона Кеннеди были переданы Соединенным Штатам. КГБ прежде всего хотел исключить подозрения, что Освальд был связан с органами безопасности СССР. Поэтому версия о Ли Харви Освальде как о некоей фигуре, использовавшейся Комитетом государственной безопасности СССР, имеет место, но вряд ли она правдоподобна. Советское руководство тех лет при всех его недостатках вряд ли могло принять такое самоубийственное решение. Все понимали, что убийство президента США — это объявление войны. Поэтому в СССР всеми силами велась очень серьезная, систематическая и последовательная работа на привлечение внимания мировой общественности к факту участия в убийстве Джона Кеннеди консерваторов, спецслужб, в частности, ЦРУ и ФБР, кубинских эмигрантов, которые были на содержании у ЦРУ, военно-промышленного комплекса. Эти версии активно прорабатывались и внедрялись в массовое сознание. В КГБ умело пользовались всякого рода слухами и домыслами, придавая им характер версий, которые требовали рассмотрения и будоражили общественное мнение.
В 1966 году окружной прокурор Нового Орлеана Джим Гаррисон начал собственное расследование убийства Джона Кеннеди. Его версия основывалась на том, что существовал заговор с участием бывшего частного детектива и пилота гражданской авиации Дэвида Ферри и бизнесмена Клея Шоу, которые планировали убийство президента и с которыми был знаком Ли Харви Освальд. Дэвид Ферри умер до суда, как было установлено — от естественных причин (хотя смерть вскоре после утечки в прессу информации о расследовании и обнаруженные предсмертные записки породили почву для слухов о самоубийстве или убийстве), поэтому обвинение предъявили только Клею Шоу. По версии Джима Гаррисона, убийство было организовано группировкой, объединявшей ультраправых активистов, подготовленных ЦРУ диверсантов из числа кубинских эмигрантов — противников режима Кастро и бывших и действующих сотрудников ЦРУ. Целью убийства были дестабилизация обстановки внутри страны и изменение курса внешней политики в отношении социалистического лагеря на более жесткий.
Джим Гаррисон отвергал выводы комиссии Уоррена о том, что смертельный выстрел был сделан Освальдом, и считал, что убийство было совершено несколькими профессионалами, стрелявшими с разных точек, а доказательства против Освальда были сфальсифицированы, после чего от него избавились. Позиция Гаррисона держалась во многом на показаниях основного свидетеля, Перри Руссо, правдивость которых оспаривается многими исследователями. В результате Клей Шоу был оправдан судом присяжных. Процесс Шоу примечателен тем, что стал единственным процессом, касавшимся убийства Джона Ф. Кеннеди, в ходе которого кому-либо было предъявлено официальное обвинение. Вместе с тем доказательства и выводы Джима Гаррисона по сей день оцениваются неоднозначно и остаются предметом споров.
Спустя 13 лет после далласской трагедии Конгресс США в результате недоверия к решению суда и к выводам комиссии Уоррена назначил новую следственную комиссию — комитет Стокса (Луис Стокс — конгрессмен, возглавлявший команду следователей). У комитета Стокса было больше времени, возможности и средств, чем у комиссии Уоррена, он в течение двух лет вел работу без давления со стороны президента (у власти тогда находился Джимми Картер) и пришел к выводу: Кеннеди был убит «скорее всего» не убийцей-одиночкой Ли Харви Освальдом, а группой заговорщиков, в которой Освальду с самого начала была отведена роль козла отпущения. Но заговорщики остались неназванными, ибо документального подтверждения их вины найти не удалось.
Пересмотра решения суда, естественно, не последовало, и доклад комитета Стокса остался практически неизвестным общественности. Сегодня каждый образованный американец знает выводы комиссии Уоррена, но едва ли один из ста сумеет ответить на вопрос: «Что такое комитет Стокса?» Расследование 1978–1979 годов было умело отодвинуто в тень влиятельными политиками, судьями, адвокатами и журналистами, которые в свое время поддержали выводы комиссии Уоррена и репутация которых сильно пострадала бы, если бы эти выводы были опровергнуты.