Строительству полигона придавалось большое государственное значение. Специально созданная в сентябре 1946 г. государственная комиссия провела рекогносцировку семи возможных районов места его дислокации. К марту 1947 г. после углубленной технико-экономической оценки комиссия пришла к заключению, что наиболее оптимальны два района: станица Наурская Грозненской области и село Капустин Яр Сталинградской области. При этом до июня 1947 г., как свидетельствуют архивные документы, предпочтение отдавалось станице Наурской. В одной из докладных записок маршала артиллерии Николая Яковлева говорилось: "Строительство ГЦП в районе станицы Наурской дает возможность проложить трассу испытаний до 3000 километров и обеспечить проведение испытаний не только ракет дальнего действия, но и всех видов сухопутных зенитных и морских реактивных снарядов. Этот вариант потребует наименьших материальных затрат на переселение местного населения и по переводу предприятий в другие районы". Против строительства полигона в Наурской выступил только министр животноводства Козлов, мотивировавший свой протест необходимостью отчуждения значительной части пастбищных земель. Тем не менее в июле 1947 г. постановлением правительства СССР № 2642-817 местом дислокации полигона был определен Капустин Яр.
Работы на будущем ГЦП шли под непосредственным руководством государственной комиссии, в состав которой входили министр вооружения Устинов, маршал артиллерии Яковлев, маршал инженерных войск Михаил Воробьев, начальник 4-го Управления ГАУ генерал-майор Соколов. На строительстве были задействованы три инженерно-строительных и одна инженерно-саперная бригады, имевшие богатейший опыт Великой Отечественной войны.
Первые строительные части и оперативная группа полигона прибыли на место дислокации в конце июля – начале августа 1947 г. Перед личным составом была поставлена задача: до октября возвести стенд для испытания ракет, старт, подвести к ним железную дорогу протяженностью около 20 км с мостом через глубокий овраг, здание для подготовки ракет – техническую позицию, хранилища и склады для специальных топлив. И все это надо было начинать на голом месте, с нуля. В воспоминаниях участников тех событий отчетливо просматривается сходство с обстановкой военных лет: острый дефицит времени, необходимость решать неизвестные ранее задачи, бытовая неустроенность. Однако уже через два месяца поступил доклад о том, что полигон готов к проведению испытаний новой техники.
С первых дней создания ГЦП МО стал базой для проведения наземных и летных испытаний всех видов ракет, мощным научно-исследовательским центром и вместе с тем центром обучения и подготовки личного состава ракетных частей.[63]
26 июля 1947 года было принято постановление Совета Министров СССР о проведении в сентябре-октябре 1947 года опытных пусков двух серий ракет А-4 (ФАУ-2). Руководила пусками Государственная комиссия под председательством маршала артиллерии Н. Д. Яковлева и при техническом руководстве С. П. Королева. В состав комиссии были включены заместители технического руководителя В. П. Глушко, В. И. Кузнецов, Н. А. Пилюгин, М. С. Рязанский, В. П. Бармин. В испытаниях участвовали и немецкие специалисты. В первом цикле испытаний было проведено 10 пусков ракет серии «Т», собранных в Подлипках, из которых только 5 признаны успешными. Причинами аварий были отказы двигателей и другие дефекты. Надежность ракет была примерно такой же, как у самих немцев во время войны.
Первый пуск был осуществлен 18 октября 1947 года в 10 часов 47 минут. Ракета пролетела 206,7 км и уклонилась влево почти на 30 км. На месте падения обнаружить большую воронку не удалось. Как показал последующий анализ, ракета разрушилась при входе в плотные слои атмосферы. Во втором цикле испытаний были пущены десять ракет Фау-2, собранных советскими и немецкими специалистами в Германии на заводе «Кляйнбодунген». До цели дошли только пять, показав среднюю дальность стрельбы 274 км. Эти ракеты имели стартовую массу 12,7 тонны и максимальную высоту полета 86 км.[64]