В годы правления Екатерины II Великой были построены новые придворные яхты. «Вторая Екатерина» была построена в 1763 г. Длина яхты 27,5 м, ширина 7.7 м, осадка 3,4 м.
Боевой опыт и научные работы
В 1764 г. яхта поддерживала почтовое сообщение между Кронштадтом, Килем, Любеком и Данцигом. 7 июня 1765 г. «Вторая Екатерина» в сопровождении пяти яхт доставила из Петергофа к эскадре, стоявшей у Красной Горки, императрицу Екатерину II. С яхты императрица наблюдала за маневрами флота, во время которых бомбардирский корабль «Самсон» столкнулся с пинком «Вологда» и сломал бушприт и крамбол. Затем корабли обстреливали специально построенный на берегу городок. После этих маневров Екатерина писала: «… у нас в излишестве кораблей и людей, но у нас нет ни флота, ни моряков, все выставленное на смотр было из рук вон плохо. Надобно сознаться, что корабли походили на флот, выходящий каждый год из Голландии для ловли сельдей, а не на военный».
19 марта 1731 года Мордвинов стал лейтенантом. 15 сентября его определили состоять при Астраханском порте, а в сентябре 1732 года лейтенант был назначен командиром Ярковского порта, 18 января 1733 года по новому штату написан лейтенантом майорского ранга. В августе 1734 года моряка сменили с должности командира порта и вызвали в Санкт-Петербург. В 1735 году он был определен в кронштадтскую команду. Видимо, это время Мордвинов использовал для литературной деятельности. В феврале 1735 года моряк представил в Адмиралтейств-коллегию составленную им книгу «О учреждении флота на море», собранную из различных примеров. Однако рукопись, посланная на отзыв обер-экипажмейстеру К. Н. Зотову, с его смертью пропала. В январе 1736 года Мордвинов представил коллегии сочинение «Книга полного собрания о эволюции, или об экзерзиции флота на море». Берх нашел в архиве, видимо, эту рукопись на 87 страницах под точным названием «Книга полного собрания об эволюции или экзерзиции флота на море. Переводы с Французского языка на Российский от флота лейтенанта Семена Мордвинова 1733 года». В 1736 году Адмиралтейств-коллегия поручила С. И. Мордвинову описать дубовые леса, находящиеся в Новгородской губернии. Он два года находился в Новгороде, где наблюдал также за скорейшим сбором денежной казны и принимал рекрутов. В 1739 году Мордвинов был определён советником в Комиссариатскую экспедицию. На суше офицер продолжал заниматься литературной деятельностью. Он представил в августе Н. Ф. Головину «Краткий каталог для познания принадлежностей в мореплавании». Тот одобрил труд и предложил напечатать 1000 экземпляров. Вышла книга в 1744 году под заглавием «Каталог содержащий о Солнце, луне и звездах, также о полном в знатных местах, заливах и реках, наводнении и прочая к мореплаванию принадлежащая в разных по Санкт-Петербургскому меридиану таблицах».
В 1762 году появилось второе издание книги. В ноябре 1740 года Мордвинов представил Адмиралтейств-коллегии 3 части «Полного собрания о навигации». Коллегия решила выпустить 500 экземпляров. После выхода книга называлась «Книга полного собрания о Навигации, по указу ЕЯ ИМПЕРАТОРСКОГО ВЕЛИЧЕСТВА Государственной Адмиралтейств-коллегии, напечатанная в царствующем граде Санкт-Петербурге при Морской Академической типографии лета 1744…»
3 ноября 1740 года произведён в капитаны полковничьего ранга.
В 1741 году, командуя фрегатом «Кронделивде», он в эскадре капитана Путилова совершил переход из Кронштадта в Архангельск.
В 1742 году будучи командиром фрегата «Вахтмейстер» Мордвинов выступил в эскадре вице-адмирала Бредаля из Архангельска и с повреждениями вернулся в Архангельск. На период перевода через бар Бредаль поручил Мордвинову командование всеми фрегатами. Тот сначала пропустил другие фрегаты, а свой перевёл только через 2 недели, когда погода позволила.
В 1743 году, являясь командиром фрегата «Аполлон», С. И. Мордвинов отбыл на Балтику в составе эскадры капитана Люиса, но в шторм у Нордкапа 18 августа 1743 года была сломана фок-мачта, а бизань-мачта раскололась. Из-за повреждения пришлось возвратиться в Архангельск. 2 декабря Мордвинов был определён на должность капитана Архангельского порта. В 1744 году принял командование новым кораблём «Полтава», который затем привёл из Архангельска в Кронштадт.